bash - 在 bash 中逐列混合多个文件

Question

我想将四个 .txt 文件合并到一个唯一的文件中。然而，这个想法不是简单的串联，而是输入文件之间的“交错”，其中 file1 将是前三列，files 2-4 必须是按后续顺序逐列粘贴。因此我们有:

文件1:

file1 <- '  AX-1   1    125    
            AX-2   2    456
            AX-3   3    3445'
file1 <- read.table(text=file1, header=F)
write.table(file1, "file1.txt", col.names=F, row.names=F, quote=F) 

文件2:

file2 <- '  AX-1   AA  AB  AA    
            AX-2   AA  AA  AB
            AX-3   BB  NA  AB'
file2 <- read.table(text=file2, header=F)
write.table(file2, "file2.txt", col.names=F, row.names=F, quote=F)

文件3:

file3 <- '  AX-1   0.20  -0.89  0.005    
            AX-2   0  -0.56  -0.003
            AX-3   1.2  0.002  0.005'
file3 <- read.table(text=file3, header=F)
write.table(file3, "file3.txt", col.names=F, row.names=F, quote=F)

file4:

file4 <- '  AX-1   1  0  0.56    
            AX-2   0  0.56  0
            AX-3   1  0  0.55'
file4 <- read.table(text=file34, header=F)
write.table(file4, "file4.txt", col.names=F, row.names=F, quote=F)

我预期的 out 文件可能是这样的:

out <- 'AX-1   1    125  AA  0.2  1 AB -0.89 0 AA 0.005 0.56
        AX-2   2    456  AA  0   0 AA -0.56 0.56 AB -0.003 0
        AX-3   3    3445  BB  1.2  1 NA  0.002 0 AA 0.005 0.55'
out <- read.table(text=out, header=F)
write.table(out, "out.txt", col.names=F, row.names=F, quote=F)

因此，在 out 中:列 1-3 是 file1，列 4,7 和 10 来自 file2，5、8 和 11 列来自 file3 以及 6、9 和 12 列 来自 file4。

我知道如何在 R 中执行此操作，但我的原始文件太大并且需要花费很多时间。如果有人知道如何直接在 bash 中执行它，我将不胜感激。

Answer 1

这应该有效:

$ join a1 a2 | join - a3 | join - a4 | awk '{printf "%s %s %s %s %s %s %s %s %s %s %s %s\n", $1, $2, $3, $4, $7, $10, $5, $8, $11, $6, $9, $12}'
AX-1 1 125 AA 0.20 1 AB -0.89 0 AA 0.005 0.56
AX-2 2 456 AA 0 0 AA -0.56 0.56 AB -0.003 0
AX-3 3 3445 BB 1.2 1 NA 0.002 0 AB 0.005 0.55