bash - 如何在 BASH 上运行一个使用 GNU parallel 接受多个参数的 python 脚本？

Question

我有一个 python 脚本，我通常像这样从 BASH shell 执行它:

pychimera $(which dockprep.py) -rec receptor1.pdb -lig ligand1.mol -cmethod gas -neut

如您所见，有些参数需要输入(例如 -rec)，而有些则不需要(例如 -neut)。我必须使用不同的输入执行此脚本 154 次。如何使用 GNU 并行脚本并行运行 8 个线程？

pychimera $(which dockprep.py) -rec receptor1.pdb -lig ligand1.mol -cmethod gas -neut
pychimera $(which dockprep.py) -rec receptor2.pdb -lig ligand2.mol -cmethod gas -neut
pychimera $(which dockprep.py) -rec receptor3.pdb -lig ligand3.mol -cmethod gas -neut
...

Answer 1

我想你想要这个:

parallel 'pychimera $(which dockprep.py) -rec receptor{}.pdb -lig ligand{}.mol -cmethod gas -neut' ::: {1..154}

如果您的 CPU 内核不是 8 个，并且一次特别需要 8 个进程，请使用:

parallel -j8 ...

如果你想在不实际运行任何东西的情况下查看将要运行的命令，请使用:

parallel --dry-run ...