bash 从两个文件中获取信息

Question

我有 file1:

NM_000014   A2M
NM_000015   NAT2
NM_000016   ACADM
NM_000017   ACADS
NM_000018   ACADVL
NM_000019   ACAT1
NM_000020   ACVRL1
NM_000021   PSEN1
NM_000022   ADA

和文件2:

NM_000019   
NM_000020   
NM_000020
NM_12345

我需要从我的文件 1 中获取信息并将其放入文件 2 - 所以创建文件 3:

NM_000019   ACAT1
NM_000020   ACVRL1
NM_000020   ACVRL1
NM_12345    NO

注意 - 我无法更改原始排序顺序(因此不使用 comm 和 diff)。我在 file2 中有重复行 - 我需要保留它 (wc -l file2 == wc -l file3)。如果没有匹配 - 打印 NO

我有大约 70K 行，我不需要最快的解决方案。我的代码只能比较并打印相同的结果。

代码:

#!/bin/bash

while read -r c; do


grep $c file1  | uniq 

done < file2 > file3

Answer 1

使用 awk:

$ awk 'NR==FNR{a[$1]=$2;next} {print ($1 in a?$1 OFS a[$1]:$1 OFS "NO")}' file1 file2
NM_000019 ACAT1
NM_000020 ACVRL1
NM_000020 ACVRL1
NM_12345 NO

解释:

NR==FNR{                                      # process the first file
    a[$1]=$2                                  # hash records to a, $1 as key
    next                                      # skip to next record
} 
{                                             # process the second file
    print ($1 in a?$1 OFS a[$1]:$1 OFS "NO")  # print hashed value if found or NO

#   if($1 in a)                               # another way of saying above
#       print $1, a[$1] 
#   else 
#       print $1, "NO"
}