Bash - 从数组传递参数

Question

我正在使用 bash 调用用 java (gatk) 编写的工具，我需要将数组中的多个参数作为输入参数传递。我尝试了这种方法，但似乎不起作用。请问您能帮我一下吗，如何解决？

代码:

java $GATK \
    -T GenotypeGVCFs  \
    -R $ref \
    -o output.vcf \
    for foo in array
    do
        --variant  $foo \
    done

我想被称为:

java $GATK \
    -T GenotypeGVCFs  \
    -R $ref \
    -o output.vcf \
    for foo in array
    do
        --variant  file1 \
        --variant  file2 \
        --variant  file3 ...etc
    done

编辑:抱歉造成误解

array=("file1","file2","file3"...)

谢谢

Answer 1

我假设您真正想要的是，如果array包含a b c，则拥有命令

java $GATK \
    -T GenotypeGVCFs  \
    -R $ref \
    -o output.vcf \
    --variant a --variant b --variant c

如果是这样，您可以准备第二个数组:

array=("file 1" "file 2" "file 3")
declare -a fullarray
for i in "${array[@]}"
do
    fullarray+=( --variant "$i" )
done

然后

java $GATK \
    -T GenotypeGVCFs  \
    -R $ref \
    -o output.vcf \
    "${fullarray[@]}"

这还将确保如果 array 中的任何名称包含空格，它仍然会作为正确的参数传递，并且不会分成两个(假设您没有弄乱它)当您将其添加到数组时)。