Bash:替换部分文件名

Question

我有一个命令要对一个文件夹的所有文件运行，该命令的语法如下所示:

tophat -o <output_file> <input_file>

我想做的是一个脚本，它循环遍历任意文件夹中的所有文件，并使用输入文件名来创建相似但不同的输出文件名。文件名如下所示:

input name                desired output name
path/to/sample1.fastq     path/to/sample1.bam
path/to/sample2.fastq     path/to/sample2.bam

让输入起作用似乎很简单:

for f in *.fastq
do
     tophat -o <output_file> $f
done

我尝试使用 output=${f,.fastq,.bam} 并将其用作输出参数，但这不起作用。我得到的只是一个错误:line 3: ${f,.fastq,.bam}: bad substitution。这是做我想做的事情的方法，还是我应该做其他事情？如果这是正确的方法，我做错了什么？

[编辑]:

谢谢大家的回答!不过，还有一个额外的问题......如果我有这样命名的文件怎么办:

path/to/sample1_1.fastq
path/to/sample1_2.fastq
path/to/sample2_1.fastq
path/to/sample2_2.fastq
...

...我可以有任意数量的样本(sampleX)，但所有样本都有两个与之关联的文件(_1 和 _2 )。命令现在看起来像这样:

tophat -o <output_file> <input_1> <input_2>

因此，仍然只有一个输出，我可以为此执行"${f/_[1-2].fastq/.bam}"之类的操作，但我不确定如何获得一个只在每个 sampleX 上迭代一次的循环，同时获取两个相关文件...想法？

[编辑#2]:

所以，这是成功的最终脚本!

for f in *_1.fastq
do
        tophat -o "${f/_1.fastq/.bam}"  $f "${f/_1.fastq/_2.fasq}"
done

Answer 1

您可以使用:

tophat -o "${f/.fastq/.bam}" "$f"

测试:

f='path/to/sample1.fastq'
echo "${f/.fastq/.bam}"
path/to/sample1.bam