bash - 如何使用 bash 循环替换 fasta 文件中行中的字母？

Question

我想改变所有n在序列中放入- ，但我不知道如何让我的 bash 脚本不更改 n出现在序列名称中。我没有使用 sed 或正则表达式来确保我的 bash 脚本只读取不以 > 开头的行的经验，因为它表示 header 。

示例文件:

>Name_with_nnn
nnnatgcnnnatttg
>Name2_with_nnn
atgggnnnnGGtnnn

同时我想将所有小写字母转换为大写字母，仅在序列行中。我什至不知道如何开始使用 sed，我发现它真的很难理解。

预期输出:

>Name_with_nnn
---ATGC---ATTTG
>Name2_with_nnn
ATGGG----GGT---

因此，在我创建序列文件后，我尝试使用以下命令继续我的脚本:

while IFS= read -r line
do
     if [[ $line == ">"* ]]
     then
          echo "Ignoring header line: $line"
     else
          echo "Converting to uppercase and then N-to-gaps"
          # sed or tr?? do call $line or do I call $OUTFILE? so confused..
     fi
done      

Answer 1

您可以使用 sed 解决此问题下面一行:

sed -i "/^>/! {s/n/-/g; s/\(.*\)/\U\1/g}" text.txt

你的输出将是:

>Name_with_nnn
---ATGC---ATTTG
>Name2_with_nnn
ATGGG----GGT---