regex - bash:从文件中读取每一行并用作正则表达式来匹配和打印列 awk

Question

我想将文件 samples.txt 的每一行用作正则表达式，并打印与 input.txt 中匹配的整列。

示例.txt

aa
bb
cc

输入.txt

s   aa    v    dd    jj    bb    ww    cc
1   1     1    1     2     3     3     8
3   5     4    5     2     7     5     8  

输出.txt

aa    bb    cc
1     3     8
5     7     8

我可以分别执行这些操作——读取 bash 中的每一行然后将其用作正则表达式，并分别使用正则表达式打印匹配列，但我不能将它们放在一起。有什么建议吗？

要打印每个匹配的列，我可以使用:

awk 'NR==1 {for(i=1;i<=NF;i++) if ($i~/$line/) f=i;next} {print $f}' input.txt

并为每一行遍历文件以用作上面的正则表达式:

while read line; do echo $line; done < samples.txt

但是我不能把这两个放在一起...

while read line; do
    awk 'NR==1 {for(i=1;i<=NF;i++) if ($i~/$line/) f=i;next} {print $f}' input.txt >> output.txt; done < samples.txt

Answer 1

在 awk 中

awk 'NR==FNR{a[$1]++;next}FNR==1{for(i=1;i<=NF;i++)b[i]=a[$i]}
            {for(i=1;i<=NF;i++)if(b[i])printf "%s\t",$i;print x}' {samples,input}.txt

aa      bb      cc
1       3       8
5       7       8

这基本上是在第一个文件的数组中收集样本。接下来在第二行的第一行，将每个字段与样本进行比较，如果相同则将它们设置为 1。

然后遍历每一行，只打印数组中设置为一个的字段。

按照 (Kent|Fedorqui|Ed Morton) 的建议删除尾随标签

awk 'NR==FNR{a[$1]++;next}FNR==1{for(i=1;i<=NF;i++)b[i]=a[$i]==1&&last=i}
     {for(i=1;i<=NF;i++)if(b[i])printf "%s",$i (i==last?ORS:OFS)}' {samples,input}.txt