bash - 如何在 bash 中只保留一个巨大数字中的某些数字？

Question

我有一个包含基因型的大文件。基本上，一行是一个基因座(或 SNP)和一列(所有数字连接在一起形成一个巨大的数字，但一列中的一个数字对齐是 1 个。在这个例子中，我连续有 96 个数字，所以96 个人)。这是一个例子:

921212922222222212292222229222221222211222222222222219929222292222922229919922222222222222292292
929111221111111221191211222912222221111210229921222129929222291221921219929992122122222211292299
292222922212222122292222222222921122222222921219222222912222299199922222912222222222221222292229
222222221122122922122222112212212221222122221922999229222229222212992221222222221222222222222212
222222222292212221291112192222122121922122222122229212222221212212922221222122122912222922222111
222222921222222922292222122222922222229222122291299122922222229222922229229222219222292222122222

我只想保留某些“此处的列”，但由于它是一个数字，我需要将其剪切，将其放在不同的列中并将所有内容连接起来以具有相同的格式，但包含我需要的 2 列。

例如，如果我选择第 1 列和第 3 列，最终结果应该是:

91
99
22
22
22
22

我已经试过了(上面的数据在 output.geno 中):

cat ~/Desktop/output.geno| awk '{ print $1 $3}'
echo ~/Desktop/output.geno | grep -o ""

如果你想玩这个，这里有一个玩具数据集:

echo "921212922222222212292222229222221222211222222222222219929222292222922229919922222222222222292292
929111221111111221191211222912222221111210229921222129929222291221921219929992122122222211292299
292222922212222122292222222222921122222222921219222222912222299199922222912222222222221222292229
222222221122122922122222112212212221222122221922999229222229222212992221222222221222222222222212
222222222292212221291112192222122121922122222122229212222221212212922221222122122912222922222111
222222921222222922292222122222922222229222122291299122922222229222922229229222219222292222122222" > ~/Desktop/output.geno

Answer 1

你可以使用cut:

cut -c 1,3 output.geno

给予:

91
99
22
22
22
22