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bash - 在每次出现字符串时查找、替换和递增

转载 作者:行者123 更新时间:2023-11-29 09:35:53 26 4
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我对脚本编写还比较陌生,对于这个非常简单的问题,我提前表示歉意。我相信我已经进行了相当彻底的搜索,但显然没有其他答案或食谱足够明确让我理解(比如 here - 仍然无法理解)。

我有一个由字母串(DNA,如果你关心的话)组成的文件,每行一个字符串。在每个字符串上方,我插入了另一行来标识底层字符串。对于你们这些生物信息学家,我正在尝试以 fasta 格式组成一个测试数据集,也许你们有工具?无论如何,我会在每个“>”之后放置一个不同的词“num”,目的是使用 bash 增量器和 sed 创建一个唯一的数字标题每个字符串。例如,在 data.txt 中,我有...

>num, blah, blah, blah

ATCGACTGAATCGA

>num, blah, blah, blah

ATCGATCGATCGATCG

>num, blah, blah, blah

ATCGATCGATCGATCG

我希望它是...

>0, blah, blah, blah

ATCGACTGAATCGA

>1, blah, blah, blah

ATCGATCGATCGATCG

>2, blah, blah, blah

ATCGATCGATCGATCG

解决方案可以使用任何语言,只要它是完整的 && 即可完成工作。我对 sed、awk、bash 和 c++ 有一点经验(有点 == 比没有经验略多)。我知道,我知道,我需要学习 perl,但我才刚刚开始。问题是:如何用每次替换递增的数字替换“num”?底层字符串是否与其他地方的另一个相同并不重要。提前感谢您的帮助!

最佳答案

perl -ple 's/num/$n++/e' filename

试运行 1st,如果是那样做,你想要什么

关于bash - 在每次出现字符串时查找、替换和递增,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/6313150/

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