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我对脚本编写还比较陌生,对于这个非常简单的问题,我提前表示歉意。我相信我已经进行了相当彻底的搜索,但显然没有其他答案或食谱足够明确让我理解(比如 here - 仍然无法理解)。
我有一个由字母串(DNA,如果你关心的话)组成的文件,每行一个字符串。在每个字符串上方,我插入了另一行来标识底层字符串。对于你们这些生物信息学家,我正在尝试以 fasta 格式组成一个测试数据集,也许你们有工具?无论如何,我会在每个“>”之后放置一个不同的词“num”,目的是使用 bash 增量器和 sed 创建一个唯一的数字标题每个字符串。例如,在 data.txt 中,我有...
>num, blah, blah, blah
ATCGACTGAATCGA
>num, blah, blah, blah
ATCGATCGATCGATCG
>num, blah, blah, blah
ATCGATCGATCGATCG
我希望它是...
>0, blah, blah, blah
ATCGACTGAATCGA
>1, blah, blah, blah
ATCGATCGATCGATCG
>2, blah, blah, blah
ATCGATCGATCGATCG
解决方案可以使用任何语言,只要它是完整的 && 即可完成工作。我对 sed、awk、bash 和 c++ 有一点经验(有点 == 比没有经验略多)。我知道,我知道,我需要学习 perl,但我才刚刚开始。问题是:如何用每次替换递增的数字替换“num”?底层字符串是否与其他地方的另一个相同并不重要。提前感谢您的帮助!
最佳答案
perl -ple 's/num/$n++/e' filename
试运行 1st,如果是那样做,你想要什么
关于bash - 在每次出现字符串时查找、替换和递增,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/6313150/
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我正在尝试在 bash 脚本中自动完成文件夹名称。如果我输入完整的文件夹名称,一切正常,但我不知道如何自动完成名称。有什么想法吗? repo() { cd ~/Desktop/_REPOS/$1 }
我想检查远程网站上的一些文件。 这里是bash命令生成计算文件md5的命令 [root]# head -n 3 zrcpathAll | awk '{print $3}' | xargs -I {}
是否有任何内置函数可以使用 bash shell 脚本从给定日期获取下周日(下周一、下周二等)?例如,2014 年 9 月 1 日之后的第一个星期日是什么时候?我预计 2014 年 9 月 7 日。
我一直在尝试根据表格重命名一些特定文件,但没有成功。它要么重命名所有文件,要么给出错误。 该目录包含数百个以长条形码命名的文件,我只想重命名包含模式 _1_ 的文件。 例子 barcode_1_bar
bash 中有没有办法用变量的内容替换文本文件中的占位符? 例如,我想发送一封电子邮件通知,如下所示: Dear Foo, Alert: blah blah blah blah blah blah
我有一个 bash 脚本,它在某些字符串上附加了一个重音字符,导致它失败,我找不到这些字符在哪里或如何进入那里。 这是一些示例输出: mv: cannot move â/tmp/myapp.zipâ
这个问题在这里已经有了答案: How do I place stdout on edit line? (1 个回答) Can a bash script prepopulate the prompt
我是一名优秀的程序员,十分优秀!