regex - 用于检查文件的第一行然后打印其余部分的 AWK 脚本

Question

我正在尝试编写一个 AWK 脚本来解析表单文件

> field1 - field2 field3 ...
lineoftext
anotherlineoftext
anotherlineoftext

我正在使用正则表达式检查第一行是否正确(以 > 开头，然后是后面的内容)，然后打印所有其他行。这是我写的脚本，但它只验证文件格式是否正确，然后不打印任何内容。

#!/bin/bash
# FASTA parser

awk ' BEGIN { x = 0; }
{ if ($1 !~ />.*/ && x == 0)
    { print "Not a FASTA file"; exit; }
  else { x = 1; next; }
  print $0 }
END { print " - DONE - "; }'

Answer 1

基本上您可以使用以下 awk 命令:

awk 'NR==1 && /^>./ {p=1} p' file

在第一行NR==1它检查该行是否以 > 开头其次是“某物”(/^>./)。如果该条件为真，则变量 p将被设置为一个。 p最后检查是否p在这种情况下计算 true 并打印该行。

如果你想打印错误信息，你需要稍微还原一下逻辑:

awk 'NR==1 && !/^>./ {print "Not a FASTA file"; exit 1} 1' file

在这种情况下，如果第一行不是以 > 开头，程序将打印错误消息并退出程序。 .否则所有行都会打印，因为 1始终计算为真。