r - 执行一系列 R 脚本的最佳实践是什么

Question

我有一个需要按顺序运行的 R 脚本列表。也就是说，我需要等到第一个完成后再进行第二个。这是顺序:

one.R
two.R
three.R
four.R

我应该编写一个简短的 bash 脚本来依次调用所有脚本吗？我应该怎么写呢？我应该在 R 脚本的顶部添加哪一行？

此外，我的脚本需要彼此共享 R 对象。如果我从 bash 调用脚本，它们仍将使用通用的 R 工作区？

Answer 1

如果您的脚本需要共享对象，我会简单地创建一个脚本，其中的功能被分解成函数。结构可能类似于:

main_script.R
support_functions_A.R
support_functions_B.R

然后在 main_script.R 中，您使用 source 将函数加载到您的 R session 中，例如来源(“support_functions_A.R”)。这样做的好处是将主要功能集中在一个地方，在一个更好的抽象层次上。如果支持函数的数量增加，您还可以考虑为此创建一个 R 包。当您的代码也被其他人使用时，这尤其有用。

只有在不需要共享相同的 R 工作区时，才能使用 bash 脚本按顺序调用脚本。我会避免像这样将 R 功能链接在一起，并专注于编写函数而不是单独的脚本。

如果您需要在 bash 中将 R 脚本作为脚本运行，您可以添加:

#! /usr/bin/env Rscript

在 R 脚本的顶部，使用 chmod 使脚本可执行。