bash - 解析文件并使用一些字段作为变量，使用 header 作为 bash 中的名称-6ren

bash - 解析文件并使用一些字段作为变量，使用 header 作为 bash 中的名称

转载作者：行者123 更新时间：2023-11-29 09:23:39

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<分区>

我有一个文件，第一行包含一系列字段，制表符分隔 ( \t )。我正在尝试遍历这些行并将某些字段用作程序的变量。到目前为止，我的代码如下:

    {
    A=$(head -1 id_table.txt)
read;
    while IFS='\t' read $A; 
    do
        echo 'downloading '$SRA_Sample_s
        echo $tissue_s
    #out_dir=`echo $tissue_s | sed 's/ /./g'` #Replacing spaces by dots
    #/soft/bio/sequence/sratoolkit-2.3.4-2/bin/fastq-dump.2.3.4 --split-3 --outdir $out_dir --ncbi_error_report $SRA_Sample_s 
    done 
    } <./id_table.txt

输出(错误):

downloading _s Inser

downloading  provided> <no

downloading  provided> <no

downloading  provided> <no

它失败了，因为它没有正确获取字段。也许 <>人物正在制造困惑？不同文件的列名称顺序不同，并且某些文件中缺少某些列。我被困在这里了。

文件看起来像这样:

BioSample_s MBases_l    MBytes_l    Run_s   SRA_Sample_s    Sample_Name_s   age_s   breed_s sex_s   Assay_Type_s    AssemblyName_s  BioProject_s    BioSampleModel_s    Center_Name_s   Consent_s   InsertSize_l    Library_Name_s  Platform_s  SRA_Study_s biomaterial_provider_s  g1k_analysis_group_s    g1k_pop_code_s  source_s    tissue_s
SAMN02777951    4698    3249    SRR1287653  SRS607026   SL01    19  SL01    female  RNA-Seq <not provided>  PRJNA247712 Model organism or animal    SICHUAN UNIVERSITY  public  200 <not provided>  ILLUMINA    SRP041998    Chengdu Research Base of Giant Panda Breeding  <not provided>  <not provided>  <not provided>  blood
SAMN02777952    4451    3063    SRR1287654  SRS607028   XB01    12  XB01    male    RNA-Seq <not provided>  PRJNA247712 Model organism or animal    SICHUAN UNIVERSITY  public  200 <not provided>  ILLUMINA    SRP041998    Chengdu Research Base of Giant Panda Breeding  <not provided>  <not provided>  <not provided>  blood
SAMN02777953    4553    3139    SRR1287655  SRS607025   XB02    6   XB02    female  RNA-Seq <not provided>  PRJNA247712 Model organism or animal    SICHUAN UNIVERSITY  public  200 <not provided>  ILLUMINA    SRP041998    Chengdu Research Base of Giant Panda Breeding  <not provided>  <not provided>  <not provided>  blood

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