r - 在 R : broken pipe error 中传递两个 bash 命令

Question

我试图在 R 中通过管道传输两个 bash 命令，但出现管道损坏错误；任何建议表示赞赏。这是我所在的位置:

#Create a long file (2GB on your drive...)
write.csv(rep(1,1E8),file="long.txt", row.names=FALSE)

system("grep 1 tmp.txt")    #This works
system("grep 1 tmp.txt| head -n 10")    #This gives a broken pipe error

我得到 grep: writing output: broken pipe使用短文件，它可以正常工作。请问我该如何解决？

谢谢。

Answer 1

grep 正在提示，因为它的输出超过 10 行，并且 head 在它完成之前将其切断。

我建议隐藏 grep 的 stderr 输出(这是打印 broken pipe 错误的地方)。

system("grep 1 tmp.txt 2>/dev/null | head -n 10")

如果您需要从 grep 中查看其他错误，这将不起作用；在这种情况下，您将需要更复杂的解决方案。