perl - 我如何将 Unix/Sed/Perl 的音译 (tr) 应用于特定列？

Question

我的程序输出看起来像这样(tab delim):

    $ ./mycode somefile 
    0000000000000000000000000000000000      238671
    0000000000000000000000000000000001      0
    0000000000000000000000000000000002      0
    0000000000000000000000000000000003      0
    0000000000000000000000000000000010      0
    0000000000000000000000000000000011      1548.81
    0000000000000000000000000000000012      0
    0000000000000000000000000000000013      937.306

我想做的只是在第一列:用 A 替换 0，用 C 替换 1，用 G 替换 2，用 T 替换 3。有没有一种方法可以音译直接从“mycode”通过管道传输的输出。产生这个:

AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA        238671
...
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACT        937.306

Answer 1

使用 Perl:

C:\> ./mycode file | perl -lpe "($x,$y)=split; $x=~tr/0123/ACGT/; $_=qq{$x\t$y}"AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA      238671AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAC      0AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAG      0AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAT      0AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACA      0AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACC      1548.81AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACG      0AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACT      937.306

您可以在 Bash 中使用单引号:

  $ ./mycode file | perl -lpe '($x,$y)=split; $x=~tr/0123/ACGT/; $_="$x\t$y"' 

正如@ysth 在评论中指出的那样，perl 实际上提供了命令行选项-a 和-F:

 -a                autosplit mode with -n or -p (splits $_ into @F) ... -F/pattern/       split() pattern for -a switch (//'s are optional)

使用那些:

perl -lawnF'\t' -e '$,="\t"; $F[0] =~ y/0123/ACGT/; print @F'