bash - QSUB:为作业数组中的每个任务指定输出和错误文件

Question

希望这不是重复的，也不仅仅是我们集群配置的问题......

我正在使用 qsub 和以下命令将作业数组提交到集群:

qsub -q QUEUE -N JOBNAME -t 1:10 -e ${ERRFILE}_$SGE_TASK_ID /path/to/script.sh

在哪里

ERRFILE=/home/USER/somedir/errors.

想法是指定一个错误文件(也类似于输出文件)，该文件还包含作业数组中的任务 ID。

到目前为止，我已经了解到这条线

#$ -e ${ERRFILE}_$SGE_TASK_ID

在 script.sh 中不起作用，因为它是一个注释而不是由 bash 评估的。但是，我的第一行不起作用，因为 $SGE_TASK_ID 仅在提交作业后设置。
我读了here逃避 $SGE_TASK_ID 的评估(在该链接中它是 PBS 的 $PBS_JOBID，但类似的问题)应该有效，但是当我尝试时

qsub -q QUEUE -N JOBNAME -t 1:10 -e ${ERRFILE}_\$SGE_TASK_ID /path/to/script.sh

它没有按预期工作。

我是否遗漏了一些明显的东西？是否可以在错误文件的名称中使用 $SGE_TASK_ID(错误文件的自动命名会这样做，但我想指定目录，如果可能的话还指定名称)？

一些补充说明:

• 我在 script.sh 中为 qsub 使用了 -cwd 选项，但这不是我希望存储错误文件的地方。
• 我几乎无法控制集群的工作方式，也没有 root 访问权限(不知道在这种情况下我需要它做什么，但无论如何...)。
• 显然我们的集群不使用 PBS。
• 是的，我的脚本都是可执行的，并且在适用的情况下以 #!/bin/bash 开头(我还通过 -S/bin/bash 指定了 bash 的使用qsub 选项)。
• 似乎有一个解决方案here ，但我不太确定它是如何工作的，而且它似乎也在使用 PBS。如果该答案确实适用于我的问题而我误解了它，请告诉我。

对于正确方向的任何提示，我将不胜感激。谢谢!

Answer 1

我也不知道这一点，但看起来 Grid Engine 有一些叫做“伪环境变量”的东西，比如 $TASK_ID 就是为了这个目的。这应该有效:

qsub -q QUEUE -N JOBNAME -t 1:10 -e ${ERRFILE}_\$TASK_ID /path/to/script.sh

来自man page :

 -e [[hostname]:]path,...
      ...

      If the  pathname  contains  certain  pseudo
      environment  variables, their value will be expanded at
      runtime of the job and will be used to  constitute  the
      standard  error  stream path name. The following pseudo
      environment variables are supported currently:

      $HOME       home directory on execution machine
      $USER       user ID of job owner
      $JOB_ID     current job ID
      $JOB_NAME   current job name (see -N option)
      $HOSTNAME   name of the execution host
      $TASK_ID    array job task index number