java - 如何使用 Rserve 从 Java 中的 R 脚本导出数据？

Question

我正在使用 Rserve 通过我的 Java 项目访问 R 脚本。 Java 代码要求用户输入以输入文件位置并存储在 String 变量中。然后将此变量传递给 R 函数，该函数应读取文件位置并执行一些处理，然后创建一个新文件夹并将处理后的数据写入各个文件，然后在控制台上打印出所有文件已生成。我最初使用该程序的较小版本检查了 R 连接并且它有效。但是，当我包含将数据写入文件的步骤时，它显示以下错误:输入文件路径:

/home/workspace/TestR/test_file
Exception in thread "main" org.rosuda.REngine.Rserve.RserveException: eval failed, request status: error code: 127
    at org.rosuda.REngine.Rserve.RConnection.eval(RConnection.java:234)
    at testMain.main(testMain.java:23)

此外，该代码也不会在控制台上打印任何必须通过 Rscript 从 R 打印的语句。这是 Java 代码:

import java.util.Scanner;

import org.rosuda.REngine.REXP;
import org.rosuda.REngine.REXPMismatchException;
import org.rosuda.REngine.REngineException;
import org.rosuda.REngine.Rserve.RConnection;
import org.rosuda.REngine.Rserve.RserveException;

public class testMain {
    static String dirPath;
    public static void main(String[] args) throws REXPMismatchException, REngineException {

        // For user input
        Scanner scanner = new Scanner(System.in );
        System.out.println("Enter the file path: ");

        dirPath = scanner.nextLine();

        RConnection c = new RConnection();
        // source the Palindrome function
        c.eval("source('/home/workspace/TestR/Main.R')");

        REXP valueReturned = c.eval("Main(\""+dirPath+"\")");
        //c.eval("Main(\""+dirPath+"\")");
        System.out.println(valueReturned.length());
    }

}

并且，这是 R 脚本:

Main <- function(FILE_PATH)
{
  ## load libraries
  library(MALDIquant)
  library(MALDIquantForeign)
  library(dcemriS4)
  require(gridExtra) # also loads grid
  library(lattice)
  library(fields)
  library(matlab)
  library(rJava)

  #Call the source files of the function which this script will use
  source('/home/workspace/TestR/importAnalyzeFormat.R', echo=TRUE)
  source('/home/workspace/TestR/exportFile.R', echo=TRUE)
  source('/home/workspace/TestR/readRecalibratedSpectra.R', echo=TRUE)

  spectralDataObjects <- importAnalyzeFormat(FILE_PATH)

  p <- detectPeaks(spectralDataObjects, method="MAD", halfWindowSize=1, SNR=1)

  # Assign the p to preprocessedDataObjects
  preprocessedDataObjects<-p

  dir.create("PreprocessedSpectra", showWarnings = FALSE)
  setwd("PreprocessedSpectra")

  for(i in 1:length(preprocessedDataObjects))
  {
     coordinateValue<-metaData(preprocessedDataObjects[[i]])
     coordinates<-coordinateValue$imaging$pos 
     mzValues<-mass(preprocessedDataObjects[[i]])
     intensityValues<-intensity(preprocessedDataObjects[[i]])
     exportFile(coordinates,mzValues,intensityValues)
  }

  print("Files exported. Program will now terminate")
  print("############################################################")

  return(preprocessedDataObjects)
}

有人可以帮帮我吗？

Answer 1

您的脚本有错误，127 表示存在解析异常。

如果你使用这样的东西，它会在脚本中打印出错误。

在这种情况下，c 是 rserve 连接。

  c.assign(".tmp.", myCode);
    REXP r = c.parseAndEval("try(eval(parse(text=.tmp.)),silent=TRUE)");
    if (r.inherits("try-error")) System.err.println("Error: "+r.toString())
    else { // success .. }