python - 使用 rpy2 从回归中获取标准错误

Question

我正在使用 rpy2 进行回归。返回的对象有一个列表，其中包括系数、残差、拟合值、拟合模型的秩等)

但是我在拟合对象中找不到标准误差(也不是 R^2)。在 R 中直接运行 lm 模型，使用摘要命令显示标准错误，但我无法直接在模型的数据框中访问它们。

如何使用 rpy2 提取此信息？

示例 python 代码是

from scipy import random
from numpy import hstack, array, matrix
from rpy2 import robjects 
from rpy2.robjects.packages import importr

def test_regress():
    stats=importr('stats')
    x=random.uniform(0,1,100).reshape([100,1])
    y=1+x+random.uniform(0,1,100).reshape([100,1])
    x_in_r=create_r_matrix(x, x.shape[1])
    y_in_r=create_r_matrix(y, y.shape[1])
    formula=robjects.Formula('y~x')
    env = formula.environment
    env['x']=x_in_r
    env['y']=y_in_r
    fit=stats.lm(formula)
    coeffs=array(fit[0])
    resids=array(fit[1])
    fitted_vals=array(fit[4])
    return(coeffs, resids, fitted_vals) 

def create_r_matrix(py_array, ncols):
    if type(py_array)==type(matrix([1])) or type(py_array)==type(array([1])):
        py_array=py_array.tolist()
    r_vector=robjects.FloatVector(flatten_list(py_array))
    r_matrix=robjects.r['matrix'](r_vector, ncol=ncols)
    return r_matrix

def flatten_list(source):
    return([item for sublist in source for item in sublist])

test_regress()

Answer 1

所以这似乎对我有用:

def test_regress():
    stats=importr('stats')
    x=random.uniform(0,1,100).reshape([100,1])
    y=1+x+random.uniform(0,1,100).reshape([100,1])
    x_in_r=create_r_matrix(x, x.shape[1])
    y_in_r=create_r_matrix(y, y.shape[1])
    formula=robjects.Formula('y~x')
    env = formula.environment
    env['x']=x_in_r
    env['y']=y_in_r
    fit=stats.lm(formula)
    coeffs=array(fit[0])
    resids=array(fit[1])
    fitted_vals=array(fit[4])
    modsum = base.summary(fit)
    rsquared = array(modsum[7])
    se = array(modsum.rx2('coefficients')[2:4])
    return(coeffs, resids, fitted_vals, rsquared, se) 

虽然，正如我所说，这实际上是我第一次涉足 RPy2，所以可能有更好的方法来做到这一点。但是这个版本似乎输出包含 R 平方值和标准误差的数组。

您可以使用 print(modsum.names) 查看 R 对象组件的名称(有点像 R 中的 names(modsum))，然后.rx 和 .rx2 等同于 R 中的 [ 和 [[。