python - networkx 删除节点属性

Question

我已将 numpy 数组附加到 networkx 图中的节点。如何将图形以 gexf 格式存储在磁盘上？ (没有 numpy 向量，因为它只是一些中间的东西......)

def create():
    G = nx.Graph()
    for i in range(256):
        G.add_node(i, vector=np.arange(20))
    for i in range(1,20):
        for j in range(1,256, 10):
            G.add_edge(i,j)

    temp = tempfile.mktemp(suffix=".gexf")
    print("dumping G = (V: %s, E: %s) to disk %s"
        % (len(G.nodes()), len(G.edges()), temp))
    nx.write_gexf(G, temp)

然而，这打破了。我是 python 的新手，但对我来说似乎 ndarray 不可序列化？!那么，如何告诉 networkx 忽略该节点属性？

File "...lib\site-packages\networkx\readwrite\gexf.py", line 430, in add_attributes
    attr_id = self.get_attr_id(make_str(k), self.xml_type[val_type],
KeyError: <type 'numpy.ndarray'>

Answer 1

我通过从数据项中删除属性“vector”解决了这个问题:

for (n,d) in G.nodes(data=True):
    del d["vector"]

完整的 MWE:

def create():
    G = nx.Graph()
    for i in range(256):
        G.add_node(i, vector=np.arange(20))
    for i in range(1,20):
        for j in range(1,256, 10):
            G.add_edge(i,j)

    temp = tempfile.mktemp(suffix=".gexf")
    print("dumping G = (V: %s, E: %s) to disk %s"
        % (len(G.nodes()), len(G.edges()), temp))
    for (n,d) in G.nodes(data=True):
        del d["vector"]
    nx.write_gexf(G, temp)