python - 数组中一个点与其余点之间的距离

Question

我正在编写一些代码来计算同一个数组中一个点与其余点之间的实际距离。该数组保存粒子在 3D 空间中的位置。有 N 个粒子，所以数组的形状是 (N,3)。我选择一个粒子并计算该粒子与其余粒子之间的距离，所有粒子都在一个阵列中。

这里有没有人知道如何做到这一点？

我目前拥有的:

xbox = 10
ybox = 10
zbox = 10
nparticles =15
positions = np.empty([nparticles, 3])
for i in range(nparticles):
     xrandomalocation = random.uniform(0, xbox)
     yrandomalocation = random.uniform(0, ybox)
     zrandomalocation = random.uniform(0, zbox)
     positions[i, 0] = xrandomalocation
     positions[i, 1] = yrandomalocation
     positions[i, 2] = zrandomalocation

这就是我现在所拥有的。我正在考虑使用 np.linalg.norm 但是我完全不确定如何将它实现到我的代码中(或者可能在循环中使用它)？

Answer 1

听起来您可以为此使用 scipy.distance.cdist 或 scipy.distance.pdist。例如，要获取点 X 到 coords 中的点的距离:

>>> from scipy.spatial import distance
>>> X = [(35.0456, -85.2672)]
>>> coords = [(35.1174, -89.9711),
...           (35.9728, -83.9422),
...           (36.1667, -86.7833)]
>>> distance.cdist(X, coords, 'euclidean')
array([[ 4.70444794,  1.6171966 ,  1.88558331]])

pdist 类似，但只需要一个数组，就可以得到所有对之间的距离。