python - 患者之间在 Matlab 或 Python 中的 fMRI 脑图像配准

Question

所以，我使用 SPM在同一患者之间注册 fMRI 大脑图像；但是，我无法在患者之间配准图像。

本质上，我想将大脑图谱注册到特定于患者的扫描中，以便我可以进行一些图像修补。所以注册，然后将该变形和转换应用于任意数量的图像。

SPM 未能成功完成此类注册。它不能将图集扭曲成与患者大脑相同的大脑形状。

freesurfer之类的软件会怎样？对这个好吗？？或者在 matlab 或 python(但最好是 python)中有更好的东西吗？？

谢谢!

泰勒米勒

Answer 1

有大量的图像配准工具，例如看http://www.nitrc.org在“空间转换”->“注册”下。 Nipype 确实是一个不错的 Python 模块，它包装了其中的许多工具(例如 FSL、Freesurfer 等)，因此您可以在某种程度上统一的界面中探索不同的可用工具。

除了那些众所周知的(SPM、FSL、AFNI)之外，您还可以尝试一些不太知名但非常强大的 CMTK(http://www.nitrc.org/projects/cmtk)，它带有非线性配准(s)，基于人口的模板构建，许多其他功能和 SRI24 图集。诸如 asegment_sri24 之类的脚本可用于使用 SRI24 atlas 中可用的标签快速开始注册/重新切片每个主题。

要在几分钟内开始使用 CMTK(或许多其他神经成像软件)，我建议您查看 http://neuro.debian.net -- 允许非常容易部署(维护的)神经科学软件的平台。 FSL、AFNI、CMTK、SRI24 atlas 等可根据您的需求提供；)