python - 快速基本循环

Question

我在文件中有以下几行。这是一行的示例:

NM_???? chr12 - 10 110 10 110 3 10,50,100, 20,60,110,

我有以下代码来获取信息:

fp = open(infile, 'r')
for line in fp:
     tokens = line.split()
     exonstarts = tokens[8][:-1].split(',')
     exonends = tokens[9][:-1].split(',')

这会给我一个像这样的列表:

exonstarts = [10,50,100]
exonends = [20,60,110]

这有 3 个外显子(尽管文件中的其他行可能多于或少于 3 个，所以这必须适用于任何数量的外显子)，它们来自:

 10-20
 50-60
 100-110

因此对于开始列表中的每个数字，结束列表中都有一个。这意味着第一个密码子开始于 exonstarts[0] 并结束于exonends[0].第二个开始于 exonstarts[1]，结束于 exonends[1]。等等。

我该如何编写此代码的其余部分，以便将这些元素配对？

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更新:

来自这里:

tokens = line.split()
exonstarts = tokens[8][:-1].split(',')
exonends = tokens[9][:-1].split(',')
zipped = list(zip(exonstarts, exonends))

我还有一个问题，我想要这些碎片。因此，例如，我想要 chr_string[10:20]+chr_string[50:60]+chr_string[100:110] 有没有办法让我轻松地说出来？？

Answer 1

zip内置是你要找的:

>>> exonstarts = [10,50,100]
>>> exonends = [20,60,110]
>>> zip(exonstarts,exonends)
[(10, 20), (50, 60), (100, 110)]