python - 如何从 Pandas 读取 HDF 表？

Question

我有一个 my_file.h5 文件，大概包含 HDF5 格式 (PyTables) 的数据。我尝试使用 Pandas 读取此文件:

import pandas as pd
store = pd.HDFStore('my_file.h5')

然后我尝试使用 store 对象:

print store

结果我得到:

Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "/usr/lib/pymodules/python2.7/pandas/io/pytables.py", line 133, in __repr__
    kind = v._v_attrs.pandas_type
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/tables/attributeset.py", line 302, in __getattr__
    (name, self._v__nodePath)
AttributeError: Attribute 'pandas_type' does not exist in node: '/data'

有人知道我做错了什么吗？问题可能是因为我的 *.h5 不是我想的那样(不是 hdf5 格式的数据)吗？

Answer 1

在您的 /usr/lib/pymodules/python2.7/pandas/io/pytables.py 中，第 133 行

kind = v._v_attrs.pandas_type

在我的 pytables.py 中，我看到了

kind = getattr(n._v_attrs,'pandas_type',None)

通过使用 getattr，如果没有 pandas_type 属性，则 kind 设置为 None。我猜我的 Pandas 版本

In [7]: import pandas as pd

In [8]: pd.__version__
Out[8]: '0.10.0'

比你的新。如果是这样，修复方法是升级您的 pandas。