python - 如何使用 nargs ='+' 解析多个位置参数

Question

以下是我要实现的目标的简短摘要:

• 获取一个或多个(表格)文件
• 寻找一个特定的字符串键(目前只有一个键，但我可以想象扩展它以接受多个键)
• 匹配键的行，提取给定位置或位置范围内的字符。

因此，在理想情况下，我希望以下列方式运行我的脚本，它们都是有效的用例:

python myscript.py file1 file2 file3 "key" 10
python myscript.py file1 file2 "key" 10 12
python myscript.py file1 "key" 10 12
python myscript.py file1 "key" 10

鉴于我尝试过的用例:

parser = argparse.ArgumentParser()
parser.add_argument("files", nargs='+', help="input files")
parser.add_argument("gene", help="gene of interest")
parser.add_argument("pos", nargs='+', type=int, help="position(s) to analyze")

""" Validate pos """
if len(args.pos) > 2:
    sys.exit("Positions argument needs to be a single integer or two integers denoting a range!")

...

# in some other function
if len(args.pos) == 1:
    key = row[SIND][args.pos[0]]
elif len(args.pos) == 2:
    key = row[SIND][args.pos[0] : args.pos[1]]
else:
    print(args.pos, len(args.pos))
    sys.exit("args.pos assertion failed!")

它在只有一个整数时起作用，但当我发送两个整数来分析一个范围时却不起作用。在后一种情况下，“ key ”也被解释为一个文件，因此我得到 FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: 'IGHV4-39'。

问题 1: 是否可以标记或指示位置参数，以便我可以在 files 参数结束和 gene 开始时告诉 argparse ？我不想让它们成为可选参数，因为如果省略三个参数中的任何一个，脚本的逻辑就不完整。

问题2:将pos参数一分为二是否有其他帮助？ pos 接受一个整数，range 接受两个整数，然后让它们互斥？

有什么想法吗？

Answer 1

问题 1 的答案

“是否可以标记……位置参数？”好吧，如果你这样做了，那么它们就不再是位置参数了!因为毕竟所有位置参数都是通过位置来定义的，而不是通过标记来定义的。

我认为您真正需要的只是 required 选项，而不是尝试和太聪明地使用位置参数。您的目标是创建一个非常聪明的界面，无论输入如何都能神奇地计算出您想要的内容，还是一个可以预测地工作并产生良好错误消息的界面？

我可以在这一点上讽刺，因为我过去花了太多时间做第一个而不是只做第二个。

那么为什么不这样:

测试.py

import argparse

parser = argparse.ArgumentParser()

parser.add_argument('--files', required=True, nargs='+')
parser.add_argument('--genes', required=True, nargs='+')
parser.add_argument(
    '--pos', required=True, nargs='+', type=int, help="position(s) to analyze")

opts = parser.parse_args()
print(dir(parser))

print('files: %s, genes: %s, poses: %s' % (
    opts.files, opts.genes, opts.pos))

所以:

$ python test.py
usage: test.py [-h] --files FILES [FILES ...] --genes GENES [GENES ...] --pos
           POS [POS ...]
test.py: error: the following arguments are required: --files, --genes, --pos

$ python test.py --files file1 file2 --genes xzy --pos 2 1
files: ['file1', 'file2'], genes: ['xzy'], poses: [2, 1]

问题2的答案

您本质上不是在问“这里最好的界面是什么”吗？当然，这是您需要决定的事情。我的建议:保持简单。为什么不这样做:

parser.add_argument('--start', '-s', required=True, nargs=1, type=int)
parser.add_argument('--end', '-e', nargs=1, type=int)

opts = parser.parse_args()
if opts.end is None:
    opts.end = opts.start + 1