macos - biopython 安装测试失败 : ERROR: test_fetch_xml_schemas (test_Entrez_online. EntrezOnlineCase)

Question

我正在尝试在我的 Mac 上测试 biopython 的安装并使用了这个命令:

$ sudo python3 setup.py test

一切正常，除了这个错误信息:

ERROR: test_fetch_xml_schemas (test_Entrez_online.EntrezOnlineCase)
Traceback (most recent call last):
    File "/Users/zhouyang/biopython/Tests/test_Entrez_online.py", line 205, in test_fetch_xml_schemas
         records = list(Entrez.parse(handle))
    File "/Users/zhouyang/biopython/build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/Bio/Entrez/Parser.py", line 267, in parse
         raise CorruptedXMLError("Premature end of XML stream")
Bio.Entrez.Parser.CorruptedXMLError: Failed to parse the XML data (Premature end of XML stream). Please make sure that the input data are not corrupted.

此外，在测试期间，这些结果表明 test_Entrez.online 失败。

test_Entrez ... ok
test_Entrez_online ... FAIL
test_Entrez_parser ... ok
test_Enzyme ... ok

我在 Mac 上使用 OS X El capitan 10.11.6，我安装了 python 2.7 和 3.5.2，并在安装 biopython 和相关包时运行 python3。

Answer 1

我不会关心那个错误。这个测试尝试连接到 Entrez 服务器并从那里获取一些东西，然后检查下载的数据是否一切正常。对于与您的安装无关的一千个原因，它可能在从 NCBI 获取 XML 时失败。

如果您可以在脚本中使用 Bio.Entrez.efetch() 函数，一切都很好。