java - 在多个输入文件上运行终端程序

Question

我有一个在终端中运行的 java 程序，它将 .txt 作为输入并写入 .txt 作为输出。我想在 100 个输入文件上运行这个程序。我怎样才能创建一个函数来获取我所有的输入文件并自动运行它们？这是java程序:

java -jar miraligner.jar -freq -sub 1 -trim 3 -add 3 -s hsa -i IsomiR_235G.txt -db ./DB/ -o Miraligner_235G.txt 

这是输入文件的样子，它们仅在 _ 和 .txt 之间的部分不同

IsomiR_94R.txt
IsomiR_100G.txt
...

Answer 1

作为替代方案，这将直接获取文件名，无需创建中间文件:

for f in IsomiR_*.txt
do
    java -jar miraligner.jar -freq -sub 1 -trim 3 -add 3 -s hsa -i "$f" -db ./DB/ -o "Miraligner${f#IsomiR}" 
done

即使文件名包含空格、制表符或换行符，这也会起作用。