python - 寻找互补 DNA 链的更 pythonic 方法

Question

这是我所拥有的，但它似乎有点多余。也许更有 Python 经验的人知道清理它的方法？它的作用应该很明显。

def complementary_strand(self, strand):
        ''' Takes a DNA strand string and finds its opposite base pair match. '''
        strand = strand.upper()
        newstrand = ""
        for i in range(0, len(strand)):
            if strand[i] == "T":
                newstrand += "A"

            if strand[i] == "A":
                newstrand += "T"

            if strand[i] == "G":
                newstrand += "C"

            if strand[i] == "C":
                newstrand += "G"

        return newstrand

Answer 1

如果字符串足够长，这可能是最有效的方法:

import string

def complementary_strand(self, strand):
    return strand.translate(string.maketrans('TAGCtagc', 'ATCGATCG'))

这是利用 translate和 maketrans方法。您还可以将转换表创建移到函数之外:

import string
def __init__(self, ...):
    self.trans = string.maketrans('TAGCtagc', 'ATCGATCG')

def complementary_strand(self, strand):
    return strand.translate(self.trans)