python - 无法获取 dicom 图像以在 python 中显示

Question

我正在尝试在 opencv-python 中显示 DICOM 图像。我正在使用 pydicom 库，然后添加 API 以使用 DOTNET 创建一个完整的 DICOM 查看器，它运行 python(C# 当然使用进程实例调用 python !!).我无法转换或查看未压缩的 DICOM 图像。每当我尝试加载或修改 pixel_array 时。我收到错误消息。

import dicom
import cv2
import numpy
df=dicom.read_file("IM-0001-0002.dcm")
df.pixel_array

Traceback (most recent call last):
File "<pyshell#4>", line 1, in <module>
df.pixel_array
File "C:\Python27\lib\site-packages\dicom\dataset.py", line 394, in pixel_array
return self._get_pixel_array()
File "C:\Python27\lib\site-packages\dicom\dataset.py", line 376, in _get_pixel_array
raise NotImplementedError("Pixel Data is compressed in a format pydicom does not yet          handle. Cannot return array")
NotImplementedError: Pixel Data is compressed in a format pydicom does not yet handle.        Cannot return array

请建议我转换图像使 cv2.imshow() 函数显示图像的好方法

提前致谢!!

Answer 1

试试 pydicom

错误的一个原因可能是:使用的 .dcm 文件可能包含不受支持的格式(例如，在 pydicom 的情况下，pillow 不支持 JPEG 2000)。这个问题是可以解决的。我遇到了同样的问题(我使用的是 pydicom 而不是 dicom)我想你会从解决我问题的解决方案中得到一些指导:

第一个平台信息:

我正在使用:pydicom 来读取 .dcm 文件、Python 3.6、Anaconda 和 Ubuntu，15 GB RAM

解决方案:

1. 使用此命令安装 pydicom:pip install -U pydicom。

可以在这里找到信息:(链接:https://pydicom.github.io/pydicom/dev/getting_started.html)

1. Anaconda 是必需的。为什么？请查看 pydicom ( https://pydicom.github.io/pydicom/dev/getting_started.html ) 的官方文档，其中提到“要安装 pydicom 以及用于压缩像素数据的图像处理程序，我们鼓励您使用 Miniconda 或 Anaconda”

2. 如果您使用的是 Ubuntu，请直接打开终端。如果您使用的是 Windows，那么在 Anaconda Navigator 上从这里开始终端转到环境。在其上执行以下命令:

   pip install -U git+https://github.com/pydicom/pydicom.git

   conda 安装 pydicom --channel conda-forge

   conda install -c conda-forge gdcm

交叉检查:

现在重新启动笔记本，然后尝试使用 pydicom 执行您的代码。它将显示输出。

也可以使用Matplotlib显示如下:

import matplotlib.pyplot as plt
import pydicom
filename = 'IM-0001-0002.dcm'
ds = pydicom.dcmread(filename)
plt.imshow(ds.pixel_array, cmap=plt.cm.bone)

希望对您有所帮助。