python - NetworkX graphviz_layout 不工作？

Question

我在尝试使用 NetworkX 和 graphviz_layout 绘制包含许多节点的图形时遇到了问题。更具体地说，传递给 nx.graphviz_layout 的参数根本没有帮助。附件是我使用的代码:

G=some_graph()

import matplotlib.pyplot as plt
plt.figure(figsize=(32,32))

# use graphviz to find radial layout
pos=nx.graphviz_layout(G,prog="dot",
                       root=1000,
                       args='-splines=true -nodesep=0.6 -overlap=scalexy'
                       )

nx.draw(G,pos,
        with_labels=True,
        alpha=0.5,
        node_size=600,
        font_size=10
        )

plt.savefig("imagenet_layout.png")

无论我如何更改 nx.graphviz_layout 中的“args”，输出图像都是相同的，并且所有节点都相互重叠。有人可以帮我吗？谢谢!

Answer 1

对我来说，似乎为了给 prog 提供参数，您需要使用格式“-G”+“argsname=x”。我注意到在示例中他们给出了 docs arg epsilon 为G.draw('test.ps',prog='twopi',args='-Gepsilon=1')。所以我尝试了如下所示的模式。我只是在参数前面添加了 G。现在，这些论点会根据您使用的 prog 的不同而有很大差异，因此您肯定想使用“点”来完成您想要完成的事情。您可以看到所有可能的参数以及它们如何与每个 prog 一起使用 here .对于我的海豚，我需要让 nodesep=0.01。

G=some_graph()

import matplotlib.pyplot as plt
plt.figure(figsize=(32,32))

# use graphviz to find radial layout
pos=nx.graphviz_layout(G,prog="dot",
                       root=1000,
                       args='-Gsplines=true -Gnodesep=0.6 -Goverlap=scalexy'
                       )

nx.draw(G,pos,
        with_labels=True,
        alpha=0.5,
        node_size=600,
        font_size=10
        )

plt.savefig("imagenet_layout.png")

这是我的图表在有和没有 args 的情况下与代码的比较。首先没有参数。

A = nx.nx_agraph.to_agraph(G)        # convert to a graphviz graph
A.layout(prog='neato')            # neato layout
#A.draw('test3.pdf')

A.draw('test3.png' )     

带参数

A = nx.nx_agraph.to_agraph(G)        # convert to a graphviz graph
A.layout(prog='dot')            # neato layout
#A.draw('test3.pdf')

A.draw('test3.png',args='-Gnodesep=0.01 -Gfont_size=1', prog='dot' )  

一旦我让参数生效，您就可以看到图像不同了。