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我的最终目标是制作一个融合了热图和系统发育树的图。我已经完成了热图，我还在 BioPython 中找到了 ETE2 包，它可以帮助我合并这两种图，但是 ETE2 需要 Newick 格式(树状)而不是距离矩阵(我有)作为输入。有谁知道 BioPython 中的一个模块可以帮助我做到这一点？
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关闭。这个问题需要更多focused .它目前不接受答案。 想改进这个问题吗？ 更新问题，使其只关注一个问题 editing this post . 关闭 8 年前。 Improve this qu
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如何将 scipy 生成的树状图保存到 Newick format 中？ 最佳答案 您需要链接矩阵 Z，它是 scipy 树状图函数的输入，并将其转换为 Newick 格式。此外，您需要一个包含叶子名
如何为给定外群的一组物种生成所有可能的 Newick 树排列？ 对于那些不知道 Newick 树格式是什么的人，可以在以下位置找到很好的描述: https://en.wikipedia.org/wik
有谁知道我可以用来轻松解析 Newick 文件的优秀 Java 库吗？或者如果您有一些经过测试的源代码我可以使用？ 我想读取 newick 文件:http://en.wikipedia.org/wik
我有一个像这样的字符串: (A\2009_2009-01-04:0.2,(A\name2\human\2007_2007:0.3,A\chicken\ird16\2016_20016:0.4)A\na
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所以我有一个 csv 文件，其中每一行代表以下形式的分层数据:'门','类','目','科','属','种','亚种','unique_gi' 我想将其转换为经典 Newick tree format
我正在为我正在从事的项目构建一个语法来使用 ParseKit 解析 Newick 树，我已经走到这一步了。它基于此处的语法:http://en.wikipedia.org/wiki/Newick_fo
我在 python 中有一个列表，其中包含一个项目，它是以 Newick 格式编写的树，如下所示: ['(BMNH833953:0.16529463651919140688,(((BMNH833883
我在将二叉树转换为 newick 格式时遇到问题。这种格式的完整解释可以找到: http://code.google.com/p/mrsrf/wiki/NewickTree newick 格式的示例如
我想将 newick 的树转换为像 graphml 这样的格式，我可以用 cytoscape 打开它。 所以，我有一个文件“small.newick”，其中包含: ((raccoon:1,bear:6
我有一组基因，它们已根据 DNA 序列进行比对和聚类，并且我在 Newick 树表示中有这组基因 (https://en.wikipedia.org/wiki/Newick_format)。有谁知道如
我正在尝试使用 boost::spirit 库解析 Newick 语法(定义为 here)。 我已经制作了自己的解析器，可以正确识别语法。这是代码: #define BOOST_SPIRIT_DEBU
我想使用 Interactive Tree of Life web-based tool (iTOL) 制作一棵树(簇)。作为输入文件(或字符串)，此工具使用 Newick format，这是一种使用
我正在尝试弄清楚如何读取许多动物物种的 Newick 文件，但我一直无法找到一种“逻辑方法/过程”来用简单的编程语言对 Newick 字符串进行排序。我可以阅读 C#、AS、JS、GLSL 和 HLS
我有一个通过运行创建的向量列表: import hcluster import numpy as np from ete2 import Tree vecs = [np.array(i) for i
我是一名优秀的程序员,十分优秀！