python - Pandas convert_to_r_dataframe 不适用于 numpy.bool_

Question

我有一个 pandas 数据框，我想将其转换为 R 数据框以通过 rpy2 使用。 pandas 数据框的数据类型是 bool 值，特别是numpy.bool_。尝试使用 convert_to_r_dataframe 时出现 KeyError。我正在使用 Pandas 0.13.1。

我在做不该做的事？我不应该使用 numpy bool 值吗？

这是一个例子，

import pandas
import pandas.rpy.common as common
import numpy as np

# This works fine.
test_df_float = pandas.DataFrame(np.random.rand(10, 3), columns=list('xyz'))
r_test_df_float = common.convert_to_r_dataframe(test_df_float)

# This is a problem.
test_df_bool = pandas.DataFrame(np.random.rand(10, 3) > 0.5, columns=list('xyz'))
r_test_df_bool = common.convert_to_r_dataframe(test_df_bool)

KeyError                                  Traceback (most recent call last)
<ipython-input-11-323084399e95> in <module>()
----> 1 r_test_df_bool = common.convert_to_r_dataframe(test_df_bool)

/usr/lib/python2.7/site-packages/pandas/rpy/common.pyc in convert_to_r_dataframe(df, strings_as_factors)
311                      for item in value]
312 
--> 313             value = VECTOR_TYPES[value_type](value)
314 
315             if not strings_as_factors:

KeyError: <type 'numpy.bool_'>

Answer 1

我认为这可能是一个错误，以前是 np.bool 现在称为 np.bool_ 并且源中的两个字典缺少键文件，因此将源代码(.../site-packages/pandas/rpy/common.py 中的第 261 行)修改为以下内容即可:

VECTOR_TYPES = {np.float64: robj.FloatVector,
                np.float32: robj.FloatVector,
                np.float: robj.FloatVector,
                np.int: robj.IntVector,
                np.int32: robj.IntVector,
                np.int64: robj.IntVector,
                np.object_: robj.StrVector,
                np.str: robj.StrVector,
                np.bool: robj.BoolVector,
                np.bool_: robj.BoolVector} #new key

NA_TYPES = {np.float64: robj.NA_Real,
            np.float32: robj.NA_Real,
            np.float: robj.NA_Real,
            np.int: robj.NA_Integer,
            np.int32: robj.NA_Integer,
            np.int64: robj.NA_Integer,
            np.object_: robj.NA_Character,
            np.str: robj.NA_Character,
            np.bool: robj.NA_Logical,
            np.bool_: robj.NA_Logical} #new key

基本上你只需要将最后一个键添加到两个字典中。