python - 使用 python、networkx、pygraphviz 获取图形顶点的布局坐标

Question

我想使用 NetworkX 创建图形，使用 Graphviz(通过 pygraphviz)布置图形。我已经成功运行了 NetworkX pygraphviz examples documentation 中的所有示例

我的问题是 - 如何将顶点的坐标 (x, y) 和尺寸(宽度、高度)返回到 NetworkX 图中。这就是目标。我只想要 Graphviz 的布局功能，而不是绘图功能。是否可以使用此堆栈(NetworkX、pygraphviz、graphviz)？还有其他办法吗？

背景动机是这样的。Graphviz 输出 png 或 ps 或 svg 和许多其他格式。但我不想受到 Graphviz 处理的格式的限制。我希望能够对布局结果进行后处理，甚至如果我最终输出像 Graphviz 支持的流行格式。

更新:为了清楚起见，我重写了问题。关于 Graphviz 输出格式的建议没有捕获重点。这是我需要的布局数据

更新 2:一个建议是以某种格式制作 Graphviz 输出，然后我可以从中解析布局数据。该建议是针对 SVG 的。我曾考虑过这种可能性。 Graphviz 输出 json(根据 Graphviz output formats documentation page )。我没能让它在我的 Windows 安装上工作——出于某种原因，并不是所有的输出格式都存在)。然而，正是这种方法让我感到不安。为用于创建该输出的数据解析格式化输出似乎是倒退的。我认为应该提供数据本身。

更新 3 - 有一个类似的问题 - How to get the coordinates from layout from graphviz? .其中一个答案建议使用 NetworkX。但是答案使用 NetworkX 而不是 Graphviz 制作的布局。回答者不知道如何获取Graphviz布局数据。所以我的问题仍然相关，但尚未得到回答

更新 4 - 现在是 07-2019，我仍然没有找到解决这个问题的方法。我将一个答案标记为已接受 - 但有一个警告 - 尽管在该答案中找到了很好的建议，但我仍然一头雾水

Answer 1

迈克尔，我重新阅读了您的问题和评论，并使用我知道有效的工具(并且我知道如何使用)，这就是我在您的位置上所做的。我会在 DOT/GraphViz 中绘制图表，然后选择一种人类可读且易于解析的格式，例如 SVG、“plain”，甚至是 x-dot。为什么？不是为了获取图表本身——其中一些甚至没有意识到图表——而是因为这些格式是人类可读的并且包含不同绘图组件的 X-Y 坐标。您可以根据自己的目的使用这些坐标和尺寸。我刚刚做的一个简单图表的一些片段应该可以说明。 SVG优先

<svg width="89pt" height="188pt"

<g id="node1" class="node"><title>A</title>
<ellipse fill="none" stroke="black" cx="54" cy="-162" rx="27" ry="18"/>
<text text-anchor="middle" x="54" y="-158.3" font-family="Times New Roman,serif" font-size="14.00">A</text>

或者以“普通”格式，也许最简单的解析:

graph 1 0.75 1.5
node A 0.375 1.25 0.75 0.5 A solid ellipse black lightgrey
node B 0.375 0.25 0.75 0.5 B solid ellipse black lightgrey
edge A B 4 0.375 0.99579 0.375 0.88865 0.375 0.7599 0.375 0.64045 solid black
stop

或者类似于 html 的 VML:

<v:oval style="position:absolute; left: 0.00; top: 0.00; width: 54.00; height: 36.00" filled="false"  >

等等...不难想象解析出各种元素的所有 X-Y 并按照您认为合适的方式重新利用它们。