python - 如何使用 Nibabel 从 Nifti 图像中获取图像强度矩阵？

Question

我是 NiBabel 的新手。我想知道如何使用这个库从 Nifti 图像中获取强度矩阵。我使用以下脚本获取体素:

import nibabel as ni
example_img = ni.load('myImage.nii')

data = example_img.get_data()

我一开始以为数据包含体素的强度，但是当我打印它时，我看到了负值，图像中有负强度似乎很奇怪，你不觉得吗？我需要在 nifti 图像中获取体素的强度，nibabel 是否可行？如果没有，你能给我一个其他的解决方案吗？谢谢。

Answer 1

不确定如何获得负体素值，但这里有一种将 NifTi 图像显示为矩阵的方法:

import nibabel as ni
img = ni.load('myImage.nii')

data = example_img.get_data()

mat = []

for i in range(img.shape[0]):
  plane = []
  for j in range(img.shape[1]):
    row = []
    for k in range(img.shape[2]):
        row.append(data[i][j][k])
    plane.append(row)
  mat.append(plane)

现在您可以打印出/将变量“mat”存储在文本文件中。