python - 规则定义中 "threads"通配符的算术运算

Question

在我的工作流程中，我将两个多线程程序连接在一起。请参阅下面我的 Snakemake 文件中的规则定义。

rule do_the_thing:
    input: 'input.dat'
    output: 'output.dat'
    threads: 16
    shell: 'cmd1 --threads {threads} {input} | cmd2 --threads {threads} > {output}'

如所写，该命令将消耗 32 个线程。有没有一种方法可以对线程变量执行算术运算，以便(例如)每个命令只消耗一半的可用线程？

Answer 1

有很多选择:

• 利用cpulimit :

shell: 
    cpulimit --include-children -l {threads}00 --\
    cmd1 --threads {threads} {input} | cmd2 --threads {threads} > {output}

• 计算参数中的线程使用情况:

threads: 16
params: lambda threads: max(1, threads//2)
shell: 
    cmd1 --threads {params.threads} {input} | cmd2 --threads {params.threads} > {output}

• 利用 snakemake piped output

rule do_the_thing_first:
    output: pipe('output.pipe')
    threads: 8
    shell: 'cmd1 --threads {threads} {input} > {output}'

rule do_the_thing_second:
    input: 'output.pipe'
    output: 'output.dat'
    threads: 8
    shell: 'cmd2 --threads {threads} > {output}'