python - rpy2(版本 2.3.10)——将 R 包中的数据导入 python

Question

所以我试图将一些数据从 R 包导入到 python 中，以测试我编写的其他一些 python-rpy2 函数。特别是，我在 R 中使用 SpatialEpi 包和 pennLC 数据集。

所以我能够导入 rpy2 包并正确连接到包。但是，我不确定如何访问包中的数据。

import rpy2.robjects as robjects
from rpy2.robjects.packages import importr
spep = importr("SpatialEpi")

但是，我似乎无法访问SpatialEpi 包中的数据对象pennLC 来测试功能。等效的 R 命令是:

data(pennLC)

任何建议。

Answer 1

在 R 中，执行 data("foo") 可以在工作区中创建任意数量的对象。在 rpy2 中，事物包含在环境中。这使它变得更干净。

from rpy2.robjects.packages import importr, data
spep = importr("SpatialEpi")
pennLC_data = data(spep).fetch('pennLC')

pennLC_data 是一个 Environment(将其视为命名空间)。

列出获取的内容:

pennLC_data.keys()

获取想要的数据对象:

pennLC_data['pennLC'] # guessing here, it might be a different name