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python - 在python中查找两个字符串的唯一组合

转载 作者:行者123 更新时间:2023-11-28 16:33:22 26 4
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<分区>

我有两个字符串:

StringA: ['K', 'T', 'T', 'T', 'K', 'K', 'G', 'T', 'T', 'T', 'T', 'K', 'K']

StringB: ['T', 'K', 'G', 'G', 'K', 'T', 'T', 'K', 'G', 'G', 'K', 'K', 'T']

我想测试有多少种独特的字母组合。字符串是有序的,所以我只想匹配 StringA 位置 1 和 StringB 位置 1,StringA 位置 2 和 StringB 位置 2 等。所以上面字符串中的对是 (KT), (TK), (TG), (TG), (KK), (KT), (GT), (TK), (TG)、(TG)、(TK)、(KK)、(KT)

并且有 5 种独特的组合:(KT), (TK), (TG), (GT), (KK)

我使用以下代码从两个 .csv 文件生成字符串。

import sys
import csv

pairlist = open(sys.argv[1], 'r')
snp_file = open(sys.argv[2], 'r')

pair = csv.reader(pairlist, delimiter=',')
snps = csv.reader(snp_file, delimiter=',')

output = open(sys.argv[1]+"_FGT_Result", 'w')

snp1 = []
snp2 = []

firstpair = pair.next()

locusa = firstpair[0]
locusb = firstpair[1]

f = snps
#search = snp.readlines()
for i, row in enumerate(f):
if locusa in row:
hita = row
#print hita
snp1.append(hita[2])
if locusb in row:
hitb = row
#print hitb
snp2.append(hitb[2])

print snp1
print snp2

pairlist.close()
snp_file.close()
output.close()

但我不知道如何进行比较。我曾尝试将字符串转换为集合,正如我在另一个线程中读到的那样,这是必需的,但我不确定为什么,而且我无法让它工作。

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