c++ - 尝试在 R 中使用 sourceCpp 进行编译时出错

Question

我是 C++ 和 Rccp 包的新手，但我在 rcpp 的库中发现了一些代码，可以让您从多元正态分布生成。代码是

#include <RcppArmadillo.h>
// [[Rcpp::depends(RcppArmadillo)]]

using namespace Rcpp;

// [[Rcpp::export]]
arma::mat mvrnormArma(int n, arma::vec mu, arma::mat sigma) {
   int ncols = sigma.n_cols;
   arma::mat Y = arma::randn(n, ncols);
   return arma::repmat(mu, 1, n).t() + Y * arma::chol(sigma);
}

将它保存在文件 multivgaussian.cpp 中，当我尝试用 R 编译它时

sourceCpp("multivgaussian.cpp")

我收到此错误消息

Error in dyn.load("/tmp/RtmpGoFAwi/sourcecpp_6a751b6a3bee/sourceCpp_67198.so") : 
  unable to load shared object '/tmp/RtmpGoFAwi/sourcecpp_6a751b6a3bee/sourceCpp_67198.so':
  /tmp/RtmpGoFAwi/sourcecpp_6a751b6a3bee/sourceCpp_67198.so: undefined symbol: _ZN4Rcpp8internal14r_vector_startILi13EEEPNS_6traits12storage_typeIXT_EE4typeEP7SEXPREC

我还尝试查看如果我尝试编译它会发生什么(在终端中)。

R CMD SHLIB multivgaussian.cpp
g++ -I/maths/R/lib64/R/include -DNDEBUG  -I/usr/local/include    -fpic  -g -O2  -c multivgaussian.cpp -o multivgaussian.o
multivgaussian.cpp:1:27: error: RcppArmadillo.h: No such file or directory
multivgaussian.cpp:4: error: ‘Rcpp’ is not a namespace-name
multivgaussian.cpp:4: error: expected namespace-name before ‘;’ token
multivgaussian.cpp:7: error: ‘arma’ has not been declared
multivgaussian.cpp:7: error: expected constructor, destructor, or type conversion before ‘mvrnormArma’
make: *** [multivgaussian.o] Error 1

这可能很简单，但我在网上找不到任何东西。多谢，查理斯

Answer 1

Rcpp 本周发布了一个版本，需要重建其用户包。确保你的 RcppArmadillo 也被重建。

在您的 R CMD SHLIB 示例中，您没有告诉 R RcppArmadillo 依赖项，因此它无法工作。在第一个示例中，行

// [[Rcpp::depends(RcppArmadillo)]]

会解决这个问题，但您的链接器问题仍然存在——可能是由于版本不匹配。