java - R - 使用 Rserve 连接 R 和 java

Question

我已经使用 Rserve 包构建了一个连接 R 和 java 的应用程序。在这种情况下，我收到错误“评估成功但对象太大而无法运输”。我也尝试增加 Rconnection 类中的发送缓冲区大小值。但这似乎不起作用。正在传输的对象大小为 4 MB

这是 R 连接文件中的代码

public void setSendBufferSize(long sbs) 抛出 RserveException {

    if (!connected || rt == null) {
        throw new RserveException(this, "Not connected");
    }
    try {
        RPacket rp = rt.request(RTalk.CMD_setBufferSize, (int) sbs);
        System.out.println("rp is send buffer "+rp);
        if (rp != null && rp.isOk()) {
            System.out.println("in if " + rp);
            return;
        }
    } catch (Exception e) {
        e.printStackTrace();
        LogOut.log.error("Exception caught" + e);
    }

    //throw new RserveException(this,"setSendBufferSize failed",rp);        
}

完整的java类可以在这里找到:Rconnection.java

Answer 1

您可以使用 rJava 包附带的 JRI，而不是 RServe。

在我看来，JRI 比 RServe 更好，因为它没有创建单独的进程，而是使用 native 调用来集成 Java 和 R。

使用 JRI，您不必担心端口、连接、看门狗等...对 R 的调用是使用操作系统库 (libjri) 完成的。

这些方法与 RServe 非常相似，并且您仍然可以使用 REXP 对象。

这是一个例子:

public void testMeanFunction() {

    // just making sure we have the right version of everything
    if (!Rengine.versionCheck()) {
        System.err.println("** Version mismatch - Java files don't match library version.");
        fail(String.format("Invalid versions. Rengine must have the same version of native library. Rengine version: %d. RNI library version: %d", Rengine.getVersion(), Rengine.rniGetVersion()));
    }

    // Enables debug traces
    Rengine.DEBUG = 1;

    System.out.println("Creating Rengine (with arguments)");
    // 1) we pass the arguments from the command line
    // 2) we won't use the main loop at first, we'll start it later
    // (that's the "false" as second argument)
    // 3) no callback class will be used
    engine = REngine.engineForClass("org.rosuda.REngine.JRI.JRIEngine", new String[] { "--no-save" }, null, false);
    System.out.println("Rengine created...");

    engine.parseAndEval("rVector=c(1,2,3,4,5)");
    REXP result = engine.parseAndEval("meanVal=mean(rVector)");
    // generic vectors are RVector to accomodate names
    assertThat(result.asDouble()).isEqualTo(3.0);
}

我有一个演示项目，它公开 REST API 并使用此包调用 R 函数。

看看:https://github.com/jfcorugedo/RJavaServer