linux - 如何按顺序提取文本并用作 bash 脚本中的输入

Question

我是新来的，也是 bash 脚本。是否可以创建一个脚本来提取文本，以便用作另一个程序的输入。
我的输入文件 ($in_put) 就是这种格式。样本是来自不同测序运行的双端文件:
sample_1 a b
sample_2 c d
sample_3 e f
我尝试使用的程序是 Trimmomatic。我在范围内尝试过，因为那是我在 bash 中知道的唯一可以按顺序运行的循环。这是我所做的:
smpl_no=3
test_val=$(for (( b=1; b<=$smpl_no; b++)); do grep ple_$b $in_put | awk '{print $2, $3}'; done)
但是，我在哪里查看 echo $test_val , 它给了我 a b c d e f全部一起。我想将成对的值提取为 a b , c d和 d e并将它们转化为 Trimmomatic 的变量。

将来我也会有更多的样本作为输入。解决这个问题的最佳方法是什么？

Answer 1

您可以通过一个read 调用来填充更多变量:

while read -r sample param1 param2; do
   echo "Sample ${sample}"
   echo "Calling Trimmomatic ${param1} ${param2}"
   trimmomatic "${param1}" "${param2}"
done < "${in_put}"