linux - 如何将多个.sra文件变成一个fastq文件？

Question

我从 NCBI 下载了属于一个样本的一系列 .sra。我尝试将一个sra改成fastq，但是报错。

我的代码: $fastq-dump I --split-files ERRXXXXX.sra.

我的 .sra 文档已配对。

我用$fastq-dump SRR5XXXXX.sra改了另一个进程，效果很好。

所以我想知道如何将多个.sra文件合并成一个.fastq文件？谢谢你的好意。

Answer 1

我不太理解整条消息，但是关于您的具体问题“如何将多个 .sra 合并为一个 .fastq 文档”，答案很简单:

• 以常规方式从您感兴趣的所有 sra 文件生成多个 fastq 文件。
• 将所有这些 fastq 文件连接成一个文件:cat fastq1.fq fastq2.fq ... fastqN.fq > new_fastq.fq
• 如果不再需要，删除中间文件

new_fastq.fq 文件包含原始 sra 文件的所有信息。

注意不要在同一个 fastq 中混合第一端和第二端(当然，除非你知道自己在做什么)。