r - TCGA2STAT R 包在 windows 中不起作用 : How to resolve?

Question

如标题所述，TCGA2STAT R 包 在 windows 中不起作用。(用于从博大研究所服务器下载压缩后的TCGA数据)

当我运行 getTCGA 函数时，出现以下错误:

Error: TAR is not installed in the system. Data unzip failed.

根据网络搜索结果尝试安装cygwin、Rtools、7zip等，但均无效。

不知道是不是Windows本身的问题。

除了在 Linux 上运行之外，还有其他解决方案吗？

提前谢谢你。

BH 金

Answer 1

如果您安装了 Rtools，您可能只需要明确设置您的 Rtools 安装路径，例如

Sys.setenv(R_GZIPCMD ="C:\\Rtools\\bin\\gzip")
Sys.setenv(TAR ="C:\\Rtools\\bin\\tar")

它也可能有助于检查

Sys.which("tar")

查看是否有可能存在冲突的其他版本的 tar