r - 无法在 Linux CentOS 7 上安装 R oligo 和 RCurl 包

Question

我正在尝试安装 Bioconductor oligo R 包在我的笔记本电脑上，我有 Linux CentOS 7。它不能通过常见的 Bioconductor 安装命令安装，因为它说 RCurl 是为另一个版本安装的，需要重新安装。

我尝试通过命令安装它:install.packages("RCurl")但不幸的是，它没有用。

这是日志:

Error: package or namespace load failed for ‘RCurl’ in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...):
 unable to load shared object '/home/davide/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.5/RCurl/libs/RCurl.so':
  libiconv.so.2: cannot open shared object file: No such file or directory
Error: loading failed

Execution halted ERROR: loading failed
* removing ‘/home/davide/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.5/RCurl’

The downloaded source packages are in   ‘/tmp/RtmpAcmmPE/downloaded_packages’ Warning message: In install.packages("RCurl") :   installation of package ‘RCurl’ had non-zero exit status

关于如何让它发挥作用的任何想法？

Answer 1

我能够通过安装 miniconda 并使用其 R 版本在 R 中安装 RCurl 和 oligo 包。

这是我做的:

1. 我从他们的 website 下载了 miniconda 安装程序(我的案例是64-bit (bash installer) )

2. 我使文件可执行，然后执行它。在 shell 终端上，我运行了:
   chmod 777 ./Downloads/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

   ./Downloads/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

3. 对于 miniconda 提示我的所有问题，我都回答是。
4. 安装 miniconda 后，我运行 R:R
5. 然后我重新安装了 RCurl:install.packages("RCurl");

6. 然后我安装了 oligo:

   if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))

   install.packages("BiocManager")

   BiocManager::install("oligo", version = "3.8")

这样对我来说一切都很好。我希望它可以帮助其他人!