r - PNG 图像在 linux 服务器节点上但不在头节点上时生成错误

Question

我的最终目标是在我大学的 Linux 服务器上呈现 R Markdown 文档，该服务器使用 SLURM 进行队列管理。但是，使用 PNG 图形设备会产生错误，而 PDF 图形设备会提供不适当的输出。

请注意，我有一台 Windows 计算机，并且正在使用 PuTTY 与服务器通信。 Xming 已安装，PuTTY 已启用 X11 转发。

当我运行时

salloc --ntasks 1 --partition <partition_name>
srun Rscript -e "png('test.png'); plot(1,1); dev.off()"` 

没有保存绘图，我收到以下警告消息:

1: In png("test.png") :

unable to load shared object '/opt/exp_soft/R- 3.5.2/lib64/R/library/grDevices/libs//cairo.so': /lib64/libcairo.so.2: undefined symbol: FT_Get_Var_Design_Coordinates

2: In png("test.png") : 加载cairo DLL失败

空设备

但是，当我只删除 srun 命令并运行时

salloc --ntasks 1 --partition <partition_name>
srun Rscript -e "png('test.png'); plot(1,1); dev.off()"` 

然后保存文件test.png。此外，输出 PDF 而不是 PNG 也能正确生成绘图 (Rscript -e "pdf( 'test.pdf'); plot(1,1); dev.off()") .

同理，一开始不使用srun，使用Rscript -e "('test.Rmd')"渲染Rmd文档，会正确渲染Rmd医生。但是把 srun 放在开头不会生成 Rmd 文档，只会生成警告信息:

File test2_files/figure-html/unnamed-chunk-1-1.svg not found in resource path

Error: pandoc document conversion failed with error 99

In addition: Warning messages:

1: In grDevices::png(f) : unable to load shared object '/opt/exp_soft/R-3.5.2/lib64/R/library/grDevices/libs//cairo.so': /lib64/libcairo.so.2: undefined symbol: FT_Get_Var_Design_Coordinates

2: In grDevices::png(f) : failed to load cairo DLL

3: In (function (filename = if (onefile) "Rplots.svg" else "Rplot%03d.svg", : failed to load cairo DLL

Execution halted

srun: error: srvcnthpc100: task 0: Exited with exit code 1

如果我将 dev='pdf' 设置为 knitr block 选项，则会呈现 Rmd 文档，但 html 文档中的绘图非常奇怪，因为它有一个滚轮和一个灰色背景(dev_equals_png_rmd_output)。

我注意到上述错误消息“FT_Get_Var_Design_Coordinates”中的“ undefined symbol ”是 FreeType 库的一部分。但是，我不确定这可能意味着什么，或者如果它意味着什么我会怎么做。

我重新安装了 Cairo R 包，但这并没有改变错误消息。

由于 PNG 图像呈现在头节点上(即没有 srun)而不是在服务器节点上(即有 srun)，所以在我看来R、SLURM 和服务器节点之间的通信中断，而不是某些文件或程序丢失。

我还认为 pandoc 会抛出错误，因为运行 R 代码时未生成 png 图像。

请注意，当使用 sbatch 而不是 srun 时也会产生上述错误(即代码以批处理而不是交互模式运行)。

任何帮助将不胜感激!我刚开始使用 Linux，并且开始喜欢上它了!

在服务器上运行 Rscript -e "sessionInfo()" 产生:

R version 3.5.2 (2018-12-20)

Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

Running under: CentOS Linux 7 (Core)

Matrix products: default BLAS: /usr/lib64/libblas.so.3.4.2 LAPACK: /usr/lib64/liblapack.so.3.4.2

locale:

1 LC_CTYPE=en_US.UTF-8 LC_NUMERIC=C

[3] LC_TIME=en_US.UTF-8 LC_COLLATE=en_US.UTF-8

[5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8 LC_MESSAGES=en_US.UTF-8

[7] LC_PAPER=en_US.UTF-8 LC_NAME=C

[9] LC_ADDRESS=C LC_TELEPHONE=C

[11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C

attached base packages: 1 stats graphics grDevices utils datasets methods base

other attached packages: 1 rmarkdown_1.11

loaded via a namespace (and not attached): 1 compiler_3.5.2 tools_3.5.2 htmltools_0.3.6 Rcpp_1.0.0 [5] knitr_1.21 xfun_0.5 digest_0.6.18 evaluate_0.13

当我运行 Rscript -e capabilities() 时，我得到以下信息:

jpeg         png        tiff       tcltk         X11        aqua
TRUE        TRUE        TRUE        TRUE       TRUE       FALSE
http/ftp     sockets      libxml        fifo      cledit       iconv
TRUE        TRUE        TRUE        TRUE       FALSE        TRUE
NLS     profmem       cairo         ICU long.double     libcurl
TRUE       FALSE        TRUE        TRUE        TRUE        TRUE

Answer 1

所以，问题确实出在 FreeType 上。以前的 FreeType 库坏了(不确定具体是什么意思，但系统管理员是这么说的)，系统管理员推出了更新和修复的 FreeType。然而，他一不小心只在头节点和他测试的服务器节点上做了这个。一旦他更新了整个集群，代码就按预期运行了。直接的 PNG 图和渲染带有图形的 Rmd 文档都工作正常。