c++ - 如何在 R 中实现 C++ 程序以生成 Voronoi Treemap？

Question

我正在尝试在 R 中复制 Voronoi 树状图。值得庆幸的是，Paul Murrell 已经做了很多工作，提供开源代码来生成这样的视觉效果:https://www.stat.auckland.ac.nz/~paul/Reports/VoronoiTreemap/voronoiTreeMap.html和 https://www.stat.auckland.ac.nz/~paul/Reports/pricekaleidoscope/pricekaleidoscope.html

但是，我遇到了问题——主要是因为部分代码是基于c++的。 Murrell 没有提供任何关于如何使这篇文章与 R 兼容的信息。所以让我描述一下我到目前为止所做的事情。

我复制并运行了 Murrell 的 R 代码，在 C++ 程序到位之前运行良好。我当前的 R 代码如下所示(如果您打开上面提到的第一个链接，您将找到所有源代码):

assign("scale", 1000, envir=.GlobalEnv)
source("VoronoiCode/util.R")
source("VoronoiCode/voronoi.R")
source("VoronoiCode/kaleidescope.R")
source("VoronoiCode/draw.R")
source("VoronoiCode/debug.R")

library("gpclib")
t <- seq(0, 2*pi, length=100)[-1]
circle <- as(list(x=1000*cos(t), y=1000*sin(t)),
             "gpc.poly")
siteX <- c(-500, -500, 500, 500)
siteY <- c(-500, 500, 500, -500)
weights <- seq(10, 40, 10)
target <- weights/sum(weights)

此时，R 代码必须使用 Murrell 在其网页上提供的名为“voronoiDiagram”的特定 C++ 程序；如果你点击我上面提到的第一个链接，你会找到代码，但我也把它复制在这里:

/*
 *  Copyright (C) 2012 Paul Murrell
 *
 *  This program is free software; you can redistribute it and/or modify
 *  it under the terms of the GNU General Public License as published by
 *  the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or
 *  (at your option) any later version.
 *
 *  This program is distributed in the hope that it will be useful,
 *  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
 *  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
 *  GNU General Public License for more details.
 *
 *  You should have received a copy of the GNU General Public License
 *  along with this program; if not, a copy is available at
 *  http://www.gnu.org/licenses/gpl.txt
 */

// This code is based on a CGAL example 
// examples/Apollonius_graph_2/ag2_exact_traits.cpp

// standard includes
#include <iostream>
#include <fstream>
#include <cassert>

// the number type
#include <CGAL/MP_Float.h>


// example that uses an exact number type

#include <CGAL/Exact_predicates_inexact_constructions_kernel.h>
#include <CGAL/Delaunay_triangulation_2.h>
#include <iterator>

typedef CGAL::Exact_predicates_inexact_constructions_kernel K;
typedef K::Point_2 Point_2;
typedef K::Iso_rectangle_2 Iso_rectangle_2;
typedef K::Segment_2 Segment_2;
typedef K::Ray_2 Ray_2;
typedef K::Line_2 Line_2;

// typedefs for the traits and the algorithm

#include <CGAL/Apollonius_graph_2.h>
#include <CGAL/Apollonius_graph_traits_2.h>

typedef CGAL::Apollonius_graph_traits_2<K>   Traits;
typedef CGAL::Apollonius_graph_2<Traits>     Apollonius_graph;


//A class to recover Voronoi diagram from stream.
struct Cropped_voronoi_from_apollonius{
    std::list<Segment_2> m_cropped_vd;
    Iso_rectangle_2 m_bbox;

    Cropped_voronoi_from_apollonius(const Iso_rectangle_2& bbox):m_bbox(bbox){}

    template <class RSL>
    void crop_and_extract_segment(const RSL& rsl){
        CGAL::Object obj = CGAL::intersection(rsl,m_bbox);
        const Segment_2* s=CGAL::object_cast<Segment_2>(&obj);
        if (s) m_cropped_vd.push_back(*s);
    }

    void operator<<(const Ray_2& ray)    { crop_and_extract_segment(ray); }
    void operator<<(const Line_2& line)  { crop_and_extract_segment(line); }
    void operator<<(const Segment_2& seg){ crop_and_extract_segment(seg); }

    void reset() {
        m_cropped_vd.erase(m_cropped_vd.begin(), m_cropped_vd.end());
    }
};

int main()
{
  std::ifstream ifs("sites.cin");
  assert( ifs );

  Apollonius_graph ag;
  Apollonius_graph::Site_2 site;

  // read the sites and insert them in the Apollonius graph
  while ( ifs >> site ) {
    ag.insert(site);
  }

  //construct a rectangle
  // This is set up to be well outside the range of the sites
  // This means that we should be able to just join up the end
  // points for any open cells, without fear of crossing the 
  // area that contains the sites (EXCEPT for pretty pathological
  // cases, e.g., where there are only two sites)
  Iso_rectangle_2 bbox(-2000,-2000,2000,2000);

  Cropped_voronoi_from_apollonius vor(bbox);

  // iterate to extract Voronoi diagram edges around each vertex
  Apollonius_graph::Finite_vertices_iterator vit;
  for (vit = ag.finite_vertices_begin(); 
       vit != ag.finite_vertices_end(); 
       ++vit) {
      std::cout << "Vertex ";
      std::cout << vit->site().point();
      std::cout << "\n";
      Apollonius_graph::Edge_circulator ec = ag.incident_edges(vit), done(ec);
      if (ec != 0) {
          do { 
              ag.draw_dual_edge(*ec, vor);
              // std::cout << "Edge\n";
          } while(++ec != done); 
      }
      //print the cropped Voronoi diagram edges as segments
      std::copy(vor.m_cropped_vd.begin(),vor.m_cropped_vd.end(),
                std::ostream_iterator<Segment_2>(std::cout,"\n"));
      vor.reset();
  }

  //extract the entire cropped Voronoi diagram
  // ag.draw_dual(vor);

  return 0;
}

由于 c++ 代码基于我下载的 CGAL 库，但是我无法将 c++ 代码与 R 集成。我的第一个想法是使用 rcpp 包和内联命令。但我不知道我该怎么做。我特别不知道要在 cxxfunction() 命令中输入什么，猜测我必须使用它。

如果 c++ 代码完美运行，R 脚本将继续:

regions <- allocate(letters[1:4], 
                    list(x=siteX, y=siteY),
                    weights, circle, target)

drawRegions(regions, label=TRUE)

如果你能给我一些提示，那真是太棒了......

Answer 1

正如 MrFlick 所建议的，要做的第一件事是使用 gcc/g++(可能通过使用 gcc/g++ 的一些/任何 IDE)启动 C++ 代码并在标准 C++ 中工作 - 假设您正在使用 Windows 和 C++ 的新手)。最终，在通过 Rcpp 和 R 使用 C++ 时，了解在命令行中使用 g++ 将对您大有裨益。您需要这样做以:

1. 了解代码以及如何包含外部库
2. 有一些东西可以与任何 Rcpp 输出进行比较 - 否则你怎么知道你的端口不会引入错误等？

您可能会遵循(很多很多)将 Boost 库与 Rcpp 结合使用的示例(在 R 中的 boost header 可用之前)，并且涵盖了 here ，以及该问题的链接。

我个人已经执行了许多与您要实现的任务类似的任务，这当然需要了解程序以及各个部分(外部库、 header 等)的工作方式。