c++ - 在 C++ 中将数据从 HDF5 加载到 vector

Question

更新:看了一个h5dump，原来是复合数据格式。我想是我使用 python 创建该死的文件的错!

来自 h5dump 的片段:

DATASET "dset1" {
               DATATYPE  H5T_COMPOUND {
                  16-bit little-endian floating-point "value";

---

我有一堆 HDF5 文件，我可以在 Matlab 中读写这些文件，但现在我想使用 C++。跟着例子，我还是破解不了。

根据我在运行时遇到的错误判断，我认为我没有正确理解或实现内存类型。你怎么知道要使用哪种内存类型？

下面是我的代码，以及我在运行时遇到的错误。它在 dset.read 行失败。 (我在这里尝试了各种实现/内存类型)。

HDFView 在 Windows 64 位机器上报告的数据集属性是 32 位 float 。该代码在 Mint 17 64 位上运行。

编译使用:

g++ importH5.cpp -o importH5 -std=c++11 -lhdf5_cpp -lhdf5

导入H5.cpp:

#include <iostream>
#include <string>
#include <vector>
#include <H5Cpp.h>

using namespace std;
using namespace H5;

int main()
{
    string ifn = "test.h5";
    string datasetPath = "/grp1/grp2/grp3/dset1";

    // Open HDF5 file handle, read only
    H5File fp(ifn.c_str(),H5F_ACC_RDONLY);

    // access the required dataset by path name
    DataSet dset = fp.openDataSet(datasetPath.c_str());

    // get the dataspace
    DataSpace dspace = dset.getSpace();

    // get the dataset type class
    H5T_class_t type_class = dset.getTypeClass();
    // According to HDFView, this is a 32-bit floating-point

    // get the size of the dataset
    hsize_t rank;
    hsize_t dims[2];
    rank = dspace.getSimpleExtentDims(dims, NULL); // rank = 1
    cout<<"Datasize: "<<dims[0]<<endl; // this is the correct number of values

    // Define the memory dataspace
    hsize_t dimsm[1];
    dimsm[0] = dims[0];
    DataSpace memspace (1,dimsm);


    // create a vector the same size as the dataset
    vector<float> data;
    data.resize(dims[0]);
    cout<<"Vectsize: "<<data.size()<<endl;


    float data_out[65341];
    for (int i=0;i<65341;i++)
    {
        data_out[i]=0;
    }
    // pass pointer to the array (or vector) to read function, along with the data type and space.
    dset.read(data_out, PredType::NATIVE_FLOAT, memspace, dspace); // FAILS
    dset.read(data_out, PredType::NATIVE_FLOAT, dspace);           // FAILS
    dset.read(data.data(), PredType::NATIVE_FLOAT, memspace, dspace); // FAILS


    // close the HDF5 file
    fp.close();



return 0;
}

错误:

Datasize: 65341
Vectsize: 65341
HDF5-DIAG: Error detected in HDF5 (1.8.11) thread 139863993304960:
  #000: ../../../src/H5Dio.c line 182 in H5Dread(): can't read data
    major: Dataset
    minor: Read failed
  #001: ../../../src/H5Dio.c line 438 in H5D__read(): unable to set up type info
    major: Dataset
    minor: Unable to initialize object
  #002: ../../../src/H5Dio.c line 939 in H5D__typeinfo_init(): unable to convert between src and dest datatype
    major: Dataset
    minor: Feature is unsupported
  #003: ../../../src/H5T.c line 4525 in H5T_path_find(): no appropriate function for conversion path
    major: Datatype
    minor: Unable to initialize object
terminate called after throwing an instance of 'H5::DataSetIException'
Aborted

这里是 HDF5 文件的链接，如果它有用的话:https://dl.dropboxusercontent.com/u/63051/test.h5

Answer 1

是的，您的问题是使用 python 创建它。正如您所提到的，它已将其放入复合数据类型中。

你快到了......

首先您需要创建一个结构来保存数据。让我们称它为 pyf(缺乏想象力的我 - python float)。

struct pyf {
        float x;
};

然后您需要将您的data_out 更改为这种类型。

struct pyf data_out[65341];
for (int i=0;i<65341;i++)
{
    data_out[i].x=0;
}

最后你需要创建一个 HDF5 复合类型并告诉它你想要从文件中得到什么成员:

CompType mtype( sizeof(struct pyf) );
mtype.insertMember("value", HOFFSET(struct pyf, x), PredType::NATIVE_FLOAT);
dset.read(data_out, mtype);

最后是完整性检查:

for (int i=0;i<65341;i++)
{
    cout<<data_out[i].x << " ";
    cout << endl;
}