linux - 将 awk 输出定向到变量

Question

这里的新人有一个问题，希望有一个简单的解决方案，但我似乎无法解决。

所以，我有一大堆文件需要使用相同的命令行程序处理，我正在尝试编写一个小的 shell 脚本来自动执行此操作。我写了一些东西，将从文本文件中读取输入文件名，并为每个文件重复该命令。到目前为止，一切都很好。我的问题是命名输出。每个文件都以通用格式命名为“lane_number_bla_bla_bla”，并且它们是成对处理的。因此，将有一个“lane_1_bla_bla_bla_001”和“lane_1_bla_bla_bla_002”需要组合成一个输出文件。为此，我尝试使用 awk 从输入文件的 .txt 列表中读取样本编号并将其解析为输出文件编号。这是我想出的代码(请注意，命令前的 echo 语句仅用于测试；在运行实际程序时将其删除；而且这不是实际的命令，它相当复杂，但原理仍然适用):

echo "Which input1 should I use?"
read text
input1=$text
echo "Which input2 should I use?"
read text
input2=$text
echo "How many lines?"
read text
n=$text
for i in $(seq 1 $n)
do
  awkinput1=$(awk NR==$i $input1)
  awkinput2=$(awk NR==$i $input2)
  num=$(awk 'NR==$i{print $2 }' FS="_" $input1)
  lane=$(awk 'NR==$i{print $1 }' FS="_" $input1)
  echo "command $awkinput1.in > $awkinput1.out && command $awkinput2.in > $awkinput2.out && command cat $awkinput1.out $awkinput2.in > $num-$lane-CAT.out &"
  if (( $i % 10 == 0 )); then wait; fi # Limit to 10 concurrent subshells.
done

当我运行它时，两个 $awkinput 字段都在命令行中被适当的文件名正确替换，但 $num 和 $lane 字段没有被替换，它们不打印任何内容。

那么，我做错了什么？我确信这很简单，但我尝试了很多不同的方法来格式化相关的 awk 命令，但似乎没有任何效果。我正在使用 SSH 协议(protocol)在远程 Linux 服务器上执行此操作，如果它有所作为的话。

非常感谢!

Answer 1

1. Shell 不解析单引号 (') 引用的 $i。所以引用的字符串应该在 $i 之前终止。
2. FS 应该在解析行之前设置。

以下代码将起作用。

num=$(awk 'BEGIN{FS="_"} NR=='$i'{print $2 }' $input1)
lane=$(awk 'BEGIN{FS="_"} NR=='$i'{print $1 }' $input1)

下面的代码会更有效率:

while read in1 ; do
  read in2 <&3
  num=$(awk 'BEGIN{FS="_"} {print $2 }' <<<"$in1")
  lane=$(awk 'BEGIN{FS="_"} {print $1 }' <<<"$in1")
  ...
done <$input1 3<$input2