linux - Ubuntu 12.04 和 MPICH 性能

Question

我正在尝试在 linux 集群中安装 mpich-3.1(在所有机器上运行的 Ubuntu 12.04)。以前我通过 sudo apt-get install mpich2 安装了 mpich2 但找不到如何运行测试。然后我用 sudo apt-get remove mpich2 删除了。

所以我决定升级到3.1。我按照 https://www.mpich.org/static/downloads/3.1/mpich-3.1-installguide.pdf 上的说明下载并安装了 mpich通过运行:

sudo ./configure -prefix=/usr/local/mpich/

sudo make

sudo make install

并且显然已正确安装。如果我跑

meteo@ventus:~/RAMS/RUN$ /usr/local/mpich/bin/mpiexec -f machinefile -n 20 hostname
ventus
ventus
ventus
ventus
ventus4
ventus4
ventus4
ventus4
ventus5
ventus5
ventus5
ventus5
ventus2
ventus2
ventus2
ventus2
ventus3
ventus3
ventus3
ventus3

尽管我发现它的响应“很慢”。机器文件在哪里

ventus:4
ventus2:4
ventus3:4
ventus4:4
ventus5:4

目录导出到集群所有节点，/etc/exports

/usr/local/mpich 192.168.1.0/24(rw,sync)

在/etc/mtab 和节点 ventus4 中的/etc/fstab

ventus:/usr/local/mpich /usr/local/mpich nfs rw,vers=4,addr=192.168.1.1,clientaddr=192.168.1.4 0 0

ventus:/usr/local/mpich /usr/local/mpich   nfs

可能问题出在之前的安装没有完全删除

meteo@ventus:~$ which mpiexec
/usr/local/bin/mpiexec
meteo@ventus:~$ which mpirun
/usr/local/bin/mpirun
meteo@ventus:~$ which mpicc
/usr/local/bin/mpicc

按照安装说明which mpiexec应该指向mpich安装bin目录/usr/local/mpich/bin/mpiexec

但是如果我将 /usr/local/bin/mpiexec 移动到 /usr/local/bin/mpiexec.old

然后

meteo@ventus:~$ which mpiexec
/usr/local/mpich/bin/mpiexec

指向我的新 mpich3 安装目录。这可能是性能缓慢的原因吗？我应该运行哪个测试来进行基准测试？如何完全删除 mpich2。

Answer 1

如果您确实拥有对整个机器的 root 访问权限，那么您始终可以删除所有二进制文件、库、 header 等。我不确定系统上的所有安装位置(每个地方都不一样) ，但通常的位置是 /usr/local/bin、/usr/local/include、/usr/local/lib 等。您应该查找这些文件(或看起来类似的东西:

bin/:

• 任何以 mpi 开头的内容

包含/:

• 任何以 mpi 开头的内容
• 任何以 opa 开头的内容

lib/:

• 任何包含 mpich
的内容
• 任何包含 mpl
的东西
• 任何包含opa
的东西

除此之外，没有太多干扰(某处也有手册页，但没关系)。如果你删除了所有这些文件，你应该已经摆脱了你的 MPICH2 安装。这确实应该在您执行 apt-get uninstall 时清理干净，但那既不存在也不存在...

现在，要测试您的新 MPICH 安装(该项目现在称为 MPICH，而不是 MPICH3)，有很多 MPI 基准测试。我建议在您最喜欢的搜索引擎中输入 mpi benchmarks 来尝试您找到的几个。如果要比较，可以安装几个不同版本的MPI。执行此操作时，请确保正确设置了 PATH 和 LD_LIBRARY_PATH 环境变量，以便您的安装可以并排放置。