linux - 在 Linux 中重定向 vcftools 文件 - 提示

Question

下面的代码使用 tabix 从特定区域获取 VCF 文件，然后使用 vcftools 的“保留”选项针对特定(欧洲)人群过滤它。

####select specific population
if [ "$POP_FILE" != "" ]; then
    vcftools --vcf temp.vcf --keep $POP_FILE --recode --recode-INFO-all > temp2.vcf 2> /dev/null
else
    cp -f temp.vcf temp2.vcf    
fi

问题:它创建了 recode.vcf 文件，但由于 temp2 文件为空，因此没有发生重定向

Answer 1

我会避免使用 vcftools 并改用 bcftools ( https://github.com/samtools/bcftools ):

if [ "$POP_FILE" != "" ]; then
  bcftools view temp.vcf -S $POP_FILE -o temp2.vcf
else
  cp -f temp.vcf temp2.vcf
fi

安装 bcftools:

git clone --branch=develop git://github.com/samtools/bcftools.git
git clone --branch=develop git://github.com/samtools/htslib.git
cd htslib && make && cd ..
cd bcftools && make && cd ..
sudo cp bcftools/bcftools /usr/local/bin/