python - 在 Python 中将 DNA 序列翻译成氨基酸

Question

我被困在 python 练习中，我需要将 DNA 序列转换成相应的氨基酸。到目前为止，我有:

seq1 = "AATAGGCATAACTTCCTGTTCTGAACAGTTTGA"

for i in range(0, len(seq), 3):
    print seq[i:i+3]

我需要在不使用词典的情况下执行此操作，并且我打算进行替换，但似乎也不可取。我怎样才能做到这一点？

它应该给出这样的东西，例如:

>seq1_1_+
TQSLIVHLIY
>seq1_2_+
LNRSFTDSST
>seq1_3_+
SIADRSLTHLL

更新 2:好的，所以我不得不求助于函数，并且按照建议，我已经得到了我想要的输出。现在，我有一系列函数，它们返回一系列氨基酸序列，我想得到一个看起来像这样的输出文件，例如:

>seq1_1_+
iyyslrs-las-smrlssiv-m
>seq1_2_+
fiirydrs-ladrcgshrssk
>seq1_3_+
llfativas-lidaalidrl
>seq1_1_-
frrsmraasis-lativannkm
>seq1_2_-
lddr-ephrsas-lrs-riin
>seq1_3_-
-tidesridqlasydrse--m 

为此，我正在使用这个:

for x in f1:
    x = x.strip()
    if x.count("seq"):
        f2.write((x)+("_1_+\n"))
        f2.write((x)+("_2_+\n"))
        f2.write((x)+("_3_+\n"))
        f2.write((x)+("_1_-\n"))
        f2.write((x)+("_2_-\n"))
        f2.write((x)+("_3_-\n"))
    else:
        f2.write((translate1(x))+("\n"))
        f2.write((translate2(x))+("\n"))
        f2.write((translate3(x))+("\n"))
        f2.write((translate1neg(x))+("\n"))
        f2.write((translate2neg(x))+("\n"))
        f2.write((translate3neg(x))+("\n"))

但与建议的预期输出文件不同，我得到了这个:

>seq1_1_+
>seq1_2_+
>seq1_3_+
>seq1_1_-
>seq1_2_-
>seq1_3_-
iyyslrs-las-smrlssiv-m
fiirydrs-ladrcgshrssk
llfativas-lidaalidrl
frrsmraasis-lativannkm
lddr-ephrsas-lrs-riin
-tidesridqlasydrse--m

所以他基本上是先做所有的 seq，然后再做所有的函数，所以我需要插入它们，问题是如何插入。

Answer 1

要翻译，您需要一个 codons 的表格, 所以没有字典或其他数据结构看起来很奇怪。

也许你可以看看biopython ？看看他们是如何管理的。

您也可以直接从编码链 DNA 序列翻译:

>>> from Bio.Seq import Seq
>>> from Bio.Alphabet import IUPAC
>>> coding_dna = Seq("ATGGCCATTGTAATGGGCCGCTGAAAGGGTGCCCGATAG", IUPAC.unambiguous_dna)
>>> coding_dna
Seq('ATGGCCATTGTAATGGGCCGCTGAAAGGGTGCCCGATAG', IUPACUnambiguousDNA())
>>> coding_dna.translate()
Seq('MAIVMGR*KGAR*', HasStopCodon(IUPACProtein(), '*')) "

你可以看看into