r - 在 R : Segmentation fault (core dumped) warning 的 foreach 循环中调用可执行文件

Question

我有一个 R 脚本，它执行一些计算并将结果写入 input.txt 文件(在工作目录中)。然后，仍然在 R 脚本中调用 Linux 可执行文件(.out 文件)。它以 input.txt 文件作为输入，进行一些工作，并将结果输出为 ouput.txt 文件(到工作目录)。

它在 foreach 循环之外工作正常。在循环内，我收到一个 segmentation fault (core dumped) 警告。我说这是一个警告，因为循环继续迭代，没有任何反应。

但是，由于工作目录下只有一个.input.txt和一个output.txt，恐怕所有worker都可能共享这些文件并读取同时从中写入它们(搞砸脚本的其余部分)。这些恐惧是否合理？有没有什么方法或最佳实践来应对这种情况？

我无法快速轻松地检查 foreach 循环输出的质量。我可以根据常规循环的输出手动检查它，但这会花费我几个小时。

Answer 1

你可以试试

outfilepaths <- foreach(i=1:numCores, .export=c("input","pathTo.outfile")) %dopar% { 
    Sys.sleep(i)
    td <- tempdir()
    outfile <- tempfile("output", td, ".txt")

    #copy r file
    file.copy(pathTo.outfile, td)

    #computations
    results <- data.frame(X=rnorm(10), Y=rnorm(10))

    write.csv(results, outfile)
    return(outfile)
}