r - 让 R 中的 gputools 和 gmatrix 在 Linux 上顺利运行

Question

通过 Rstudio 运行时，我无法让 R 识别 R 的 gmatrix。我的详细信息如下。

• 完成和完成的事情:

  • 安装 openSuse Tumbleweed x86_64
  • 安装 NVIDIA 显卡驱动 361.42
  • 安装 CUDA 7.5 和/usr/local/cuda 的符号链接(symbolic link)
    • 设置 LD_LIBRARY_PATH 和路径
  • R 3.2.5
  • RStudio 0.98.501-1.62
  • 通过将“4”增加到“5”来修补/usr/local/cuda/include/host_config.h，第 115 行(这与 gcc 编译器有关)

  • 安装包 gputools

  • ~ 包 gmatrix 的部分安装

*我必须编辑 host_config.h 文件，因为 Tumbleweed 附带的 gcc 编译器不支持 cuda。我基本上打破了检查版本的评估并将其设置为 5.9 而不是 4.9。这是一件极其天真的事情吗？

• 未完成的事情，需要帮助:

-我无法正确安装 gmatrix。我通过使用 Sys.setenv() 手动添加 LD 和 PATH 目录来安装 R

> Sys.setenv("LD_LIBRARY_PATH"="/usr/lib64/R/lib:/lib:/usr/local/lib64:/usr/local/cuda/lib64")

> Sys.setenv("PATH"="/home/eamergent/bin:/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/bin/X11:/usr/games:/usr/local/cuda/bin")

但是，我无法加载 gmatrix 包，但 gputools 工作正常:

> library(gputools) "no issues"

> library(gmatrix)

> Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) : unable to load shared object '/home/eamergent/R/x86_64-suse-linux-gnu-library/3.2/gmatrix/libs/gmatrix.so':libcudart.so.7.5: cannot open shared object file: No such file or directory Error: package or namespace load failed for ‘gmatrix’

*错误使 libcudart.so.7.5 似乎是罪魁祸首然而，/usr/local/cuda/lib64/libcudart.so.7.5 确实存在:

> eamergent@linux-pnx7: ls /usr/local/cuda/lib64/libcuda

libcudadevrt.a       libcudart.so         libcudart.so.7.5     libcudart.so.7.5.18  libcudart_static.a 

*我使用制表符来获取较短的列表。 lib64 中还有很多

关于如何让 R 识别已安装的 gmatrix 包的任何想法？或者如何在不使用我上面使用的 R 环境路径修复的情况下正确地重新安装？

Answer 1

我在 Ubuntu 14.04 上遇到了同样的问题，其中系统和 R (Sys.setenv()) 共享库路径设置正确，但 R 无法加载 CUDA 共享库。起作用的是使用 ldconfig 设置 CUDA 共享库路径。

作为带有 sudo 的根命令或前缀命令:

# echo "/usr/local/cuda/lib64/libcuda" > /etc/ld.so.conf.d/cuda.conf
# ldconfig

然后

# R
> install.packages("gmatrix")

或者如果 gmatrix 已经安装

# R
> library(gmatrix)
> gtest()